<div>Hi,</div>
<div><br clear="all"><br>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">My characteristics computer:</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">Root at …fftw-3.2.2]# uname -a</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">Linux localhost.localdomain 2.6.31.5-127.fc12.i686.PAE #1 SMP Sat Nov 7 21:25:57 EST 2009 i686 i686 i386 GNU/Linux</font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">To install FFTW version 3.2.2.</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">I used the following commands:</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">Root at …fftw-3.2.2]#<span style="mso-spacerun: yes">  </span>./configure --enable-threads --enable-float --enable-shared</font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font size="3"><font face="Times New Roman"><span style="mso-spacerun: yes">  </span>Root at …fftw-3.2.2]#<span style="mso-spacerun: yes">  </span>make</font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font size="3"><font face="Times New Roman"><span style="mso-spacerun: yes">  </span>Root at …fftw-3.2.2]#<span style="mso-spacerun: yes">  </span>make install</font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">After using “make” and “make install”, it get me the following text at end:</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">make[3]: Leaving directory `/home/afsaneh/m/fftw-3.2.2/tools&#39;</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">make[2]: Leaving directory `/home/afsaneh/m/fftw-3.2.2/tools&#39;</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">Making all in m4</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">make[2]: Entering directory `/home/afsaneh/m/fftw-3.2.2/m4&#39;</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">make[2]: Nothing to be done for `all&#39;.</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">make[2]: Leaving directory `/home/afsaneh/m/fftw-3.2.2/m4&#39;</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">make[1]: Leaving directory `/home/afsaneh/m/fftw-3.2.2&#39;</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">..........................</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">To install gromacs version 4.5.1</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">root@localhost gromacs-4.5.1]#./configure </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font style="BACKGROUND-COLOR: #ffcccc" face="Times New Roman" size="4">* On most platforms you can save 10X space with dynamic libraries, although</font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman"><font size="4"><font style="BACKGROUND-COLOR: #ffcccc"><span style="mso-spacerun: yes">  </span>the binaries might be less portable. Why not try --enable-shared ?</font></font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3"></font> </p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">[root@localhost gromacs-4.5.1]#make</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">[root@localhost gromacs-4.5.1]#make install</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">[root@localhost gromacs-4.5.1]# make links</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">cd /usr/local/gromacs/bin &amp;&amp; programs=`ls` &amp;&amp; cd /usr/local/bin &amp;&amp; \</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font size="3"><font face="Times New Roman"><span style="mso-tab-count: 1">            </span>for i in $programs; do \</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font size="3"><font face="Times New Roman"><span style="mso-tab-count: 1">            </span><span style="mso-spacerun: yes">   </span>(test ! -f $i &amp;&amp; ln -s /usr/local/gromacs/bin/$i . ; exit 0); \</font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font size="3"><font face="Times New Roman"><span style="mso-tab-count: 1">            </span>done</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">when i used each command with” –h” or “–help” I obtain the followinf error:</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">[afsaneh@localhost ~]$ g_analyze -h</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">g_analyze: error while loading shared libraries: libfftw3f.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory</font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">[afsaneh@localhost ~]$ editconf -h</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">editconf: error while loading shared libraries: libfftw3f.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory</font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">How to solve this problem?</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">Best wishes,</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%"><font face="Times New Roman" size="3">Afsaneh</font></p></div>