<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 11/08/2011 11:02 PM, PAUL NEWMAN wrote:
    <blockquote
cite="mid:CALmLiFq0awpWj9DSJ+OQxi9+2p0UtSt6rX5_iFPWXXzj5VK80w@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear Mark,<br>
      <br>
      Thanks for replying. Yes I am using bash. Yes the bash recognize
      the set path. When I do echo, I got the follwoing<br>
      <br>
      echo $VMD_PLUGIN_PATH<br>
      <br>
      /home/pet/vmd/1.9/plugins/molfile<br>
      <br>
      What can be wrong? Maybe the program is not in this folder? Which
      program is searching for this pluging<br>
    </blockquote>
    <br>
    Perhaps there is some mismatch in how GROMACS and VMD were compiled,
    but I have no idea how to diagnose that.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CALmLiFq0awpWj9DSJ+OQxi9+2p0UtSt6rX5_iFPWXXzj5VK80w@mail.gmail.com"
      type="cite"><br>
      Thanks for your help.<br>
      <br>
      <br>
      ---------- Forwarded message ----------<br>
      From:&nbsp;Mark Abraham &lt;<a moz-do-not-send="true"
        href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
      To:&nbsp;Discussion list for GROMACS users &lt;<a
        moz-do-not-send="true" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
      Date:&nbsp;Thu, 11 Aug 2011 19:51:04 +1000<br>
      Subject:&nbsp;Re: [gmx-users] VMD_PLUGIN_PATH<br>
      On 10/08/2011 1:21 PM, PAUL NEWMAN wrote:
      <blockquote type="cite">Hi Gromacs Users,<br>
        <br>
        I am using the gromacs analysing tools to analyze my DCD file
        produced by NAMD. I set up the VMD_PLUGIN_PATH before running
        however I got the error that the VMD_PLUGIN_PATH was not set up.
        Can anyone give me a hand? Please see below the details. Thanks
        for the help<br>
        <br>
        export VMD_PLUGIN_PATH=/home/pet/vmd/1.9/plugins/molfile<br>
      </blockquote>
      <br>
      Are you using a shell where this works? What does "echo
      $VMD_PLUGIN_PATH" say afterwards?<br>
      <br>
      Mark<br>
      <br>
      <br>
      g_gyrate_d -f protein.dcd -s ../IN/protein.pdb<br>
      <br>
      ##############################
      <blockquote type="cite">##############<br>
        <br>
        The file format of protein.dcd is not a known trajectory format
        to GROMACS.<br>
        Please make sure that the file is a trajectory!<br>
        GROMACS will now assume it to be a trajectory and will try to
        open it using the VMD plug-ins.<br>
        This will only work in case the VMD plugins are found and it is
        a trajectory format supported by VMD.<br>
        <br>
        No VMD Plugins found<br>
        Set the environment variable VMD_PLUGIN_PATH to the molfile
        folder within the<br>
        VMD installation.<br>
        The architecture (e.g. 32bit versus 64bit) of Gromacs and VMD
        has to match.<br>
        <br>
        -------------------------------------------------------<br>
        Program g_gyrate_d, VERSION 4.5.3<br>
        Source code file: trxio.c, line: 867<br>
        <br>
        Fatal error:<br>
        Not supported in read_first_frame: protein.dcd<br>
        For more information and tips for troubleshooting, please check
        the GROMACS<br>
        website at <a moz-do-not-send="true"
          href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors"
          target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
        -------------------------------------------------------<br>
        <br>
        "Lets Kill the Fucking Band"&nbsp; (Tom Savini - From Dusk til Dawn)<br>
        <br>
        ############################################<br clear="all">
        <br>
        -- <br>
        Cheers,&nbsp; &nbsp; <br>
        &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>
        Paul<br>
      </blockquote>
      <br clear="all">
      <br>
      -- <br>
      Cheers,&nbsp; &nbsp; <br>
      &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>
      Paul<br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>