I tried with single Arginine molecule pdb.<div>pdb2gmx -f arg.pdb -o arg.gro -p arg.top</div><div>genconf -f arg.gro -nbox 2 2 2 -o seq.gro</div><div>genbox -cp seq.gro -cs spc216.gro -ci protein.pdb -nmol 1 -o seq_box.gro -box 1.8 1.8 1.8 </div>
<div>command runs but it does not add protein.pdb to the box</div><div>shahid nayeem<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 12, 2011 at 4:32 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im"><br>
<br>
shahid nayeem wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I couldn&#39;t get you. Does it means that  for pre-positioning say 40 molecules of Arginine do I need to create 40 pdb of different coordinate then combine it with pdb of protein and then use pdb2gmx. I want to use different number of free positively charged Arginine molecule in simulation box along with protein.<br>

shahid nayeem<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Treat the system like you would any other &quot;normal&quot; protein.  Run pdb2gmx on a coordinate file of a single molecule and proceed with building your system, which can include replication (i.e. genconf to get multiple molecules), genbox (to add other molecules and solvent), and genion.  For systems with different numbers of arginine, simply alter the corresponding line in the [molecules] directive of the topology that pdb2gmx wrote.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
On Thu, Aug 11, 2011 at 3:15 PM, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a> &lt;mailto:<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.<u></u>au</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
    On 11/08/2011 7:24 PM, shahid nayeem wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
    Hi Justin<br>
    I prepared a box of SOL and arginine Hydrochloride. But when I<br>
    solvate my protein with this box now the positively charged<br>
    arginine is as solvent and this causes problem in grompp. It gives<br>
    error like &quot;No such Molecule types ARG&quot; etc. Solvating arginine<br>
    with water and preparing a box was without error. which forcefield<br>
    in gromacs has inbuilt .itp file for free amino acid which I can<br>
    include in my .top file.<br>
</blockquote>
<br>
    See <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Multiple_Chains" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/How-tos/<u></u>Multiple_Chains</a>.<br>
    Pre-position the non-water molecules, use pdb2gmx, solvate.<br>
<br>
    Mark<br>
<br>
<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
    Shahid Nayeem<br>
<br>
    On Fri, Jul 29, 2011 at 5:02 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a><br></div><div class="im">
    &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
        shahid nayeem wrote:<br>
<br>
            Dear All I am trying to find the topology and parameterof<br>
            free Arginine Hydrchloride molecule in gromacs force-field<br>
            format. Developing it in Pro-Drg will not serve as  I will<br>
            need some other parametrization tool to check it charges.<br>
            If someone can help, I will be grateful.<br>
<br>
<br>
        Isn&#39;t this just a protonated arginine (normal state for<br>
        neutral pH) with a chloride counterion?  There&#39;s nothing<br>
        special about it, just run a coordinate file through pdb2gmx<br>
        with the force field of your choice.<br>
<br>
        -Justin<br>
<br>
        --         ==============================<u></u>==========<br>
<br>
        Justin A. Lemkul<br>
        Ph.D. Candidate<br>
        ICTAS Doctoral Scholar<br>
        MILES-IGERT Trainee<br>
        Department of Biochemistry<br>
        Virginia Tech<br>
        Blacksburg, VA<br></div>
        jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<div class="im"><br>
        <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
        ==============================<u></u>==========<br>
        --         gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
        <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
        Please search the archive at<br>
        <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before<br>
        posting!<br>
        Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
        www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@<u></u>gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
        Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</div></blockquote><div class="im">
<br>
<br>
    --<br>
    gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
    www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@<u></u>gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
</div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>