<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Dear gmx users:</DIV>
<DIV> I have read&nbsp;a paper"Atomistic simulation of ion solvation in water explains surface preference of halides", I think it is a perfect work.&nbsp; And I am also interested in the electrolyte&nbsp; behavior at interface. I am using SWM4-NDP polarizable water model and ion Polarizable Alkali and Halide Ions in conjuction with SWM4-NDP water model by GMX4.5.4, I find the RMS force is very large, and at last the system blow up. BUT I simulate pure water with SWM4-NDP water model , It seems everything is OK.<SPAN style="FONT-SIZE: 16px">I need your help,&nbsp; thanks in advance.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Best wishes!<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Zhongjin He<BR>The error:<BR>step 177: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<BR>step 178:
 EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<BR>step 179: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<BR>step 180: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<BR>step 181: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<BR>step 182: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<BR>step 183: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<BR>step 184: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<BR>step 185: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<BR>step 186: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<BR>step 187: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<BR>step 188: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<BR>step 189: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<BR>step 190: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<BR>step 191: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<BR>step 192: EM did not converge in 20
 iterations, RMS force 0.033<BR>step 193: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<BR>step 194: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.035<BR>step 195: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.042<BR>step 196: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1.898<BR>step 197: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 49.403<BR>step 198: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 173.436<BR>step 199: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 363.106<BR>step 200: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 589.073<BR>step 201: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 786.105<BR>step 202: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 845.617<BR>step 203: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 773.659<BR>step 204: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 741.854<BR>step 205: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 778.916<BR>step 206: EM did not converge in 20 iterations,
 RMS force 964.226<BR>step 207: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1340.912<BR>step 208: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1790.702<BR>step 209: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 488.729<BR>step 210: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 820.419<BR>step 211: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 977.581<BR>step 212: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 923.088<BR>step 213: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 729.115<BR>step 214: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 791.220<BR>step 215: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 619.807<BR>step 216: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 693.143<BR>step 217: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 730.895<BR>step 218: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 588.245<BR>step 219: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1110.880<BR>step 220: EM did not converge in 20
 iterations, RMS force 1146.601<BR>step 221: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 509.965<BR>step 222: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 198.761<BR>step 223: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 78.372<BR>step 224: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 472.341<BR>step 225: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 873.614<BR>step 226: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1676.297<BR>step 227: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1731.009</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">step 227: Water molecule starting at atom 2641 can not be settled.<BR>Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.<BR>Wrote pdb files with previous and current coordinates<BR>step 228: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.040</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">step 228: Water molecule starting at atom 2641 can not be settled.<BR>Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.<BR>Wrote pdb files with previous and current coordinates<BR>step 229: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.038<BR>step 230: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">step 230: Water molecule starting at atom 2641 can not be settled.<BR>Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.<BR>Wrote pdb files with previous and current coordinates<BR>step 231: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<BR>step 232: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">step 232: Water molecule starting at atom 2641 can not be settled.<BR>Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.<BR>Wrote pdb files with previous and current coordinates<BR>step 233: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<BR>step 234: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<BR>step 235: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<BR>step 236: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 695.555<BR><BR>step 324: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 2254.332<BR>step 325: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1366.153</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">step 325: Water molecule starting at atom 2641 can not be settled.<BR>Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.<BR>Wrote pdb files with previous and current coordinates<BR>step 326: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 4453.299</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">step 326: Water molecule starting at atom 2641 can not be settled.<BR>Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.<BR>Wrote pdb files with previous and current coordinates</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">-------------------------------------------------------<BR>Program mdrun, VERSION 4.5.4<BR>Source code file: pme.c, line: 538</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">Fatal error:<BR>2 particles communicated to PME node 7 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.<BR>This usually means that your system is not well equilibrated.<BR>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<BR>website at <A href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target=_blank>http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</A><BR></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">ion parameters:</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">; Topology file for Polarizable Alkali and Halide Ions in conjuction with SWM4-NDP water model<BR>;&nbsp; <BR>; Yu, H. B.; Whitfield, T. W.; Harder, E.; Lamoureux, G.; Vorobyov, I.; Anisimov, V. M.; MacKerell, A. D.; Roux, B.<BR>; Simulating Monovalent and Divalent Ions in Aqueous Solution Using a Drude Polarizable Force Field<BR>; J. Chem. Theory Comput. 2010, 6 (3), 774-786.</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ moleculetype ]<BR>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<BR>F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ atoms ]<BR>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.319199 <BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.319199 </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ polarization ]<BR>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.001786 </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ exclusions ]<BR>; iatom excluded from interaction with i<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ moleculetype ]<BR>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<BR>CL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ atoms ]<BR>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CLc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CLc&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.457187<BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CLs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CLs&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.457187</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ polarization ]<BR>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.003969</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ exclusions ]<BR>; iatom excluded from interaction with i<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ moleculetype ]<BR>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<BR>BR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ atoms ]<BR>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BRc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BRc&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.980713 <BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BRs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BRs&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.980713 </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ polarization ]<BR>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.005262 </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ exclusions ]<BR>; iatom excluded from interaction with i<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ moleculetype ]<BR>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<BR>I&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ atoms ]<BR>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ic&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.733085 <BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Is&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Is&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.733085 </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ polarization ]<BR>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.007439 </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ exclusions ]<BR>; iatom excluded from interaction with i<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ moleculetype ]<BR>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<BR>LI&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ atoms ]<BR>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LIc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LI&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LIc&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.310427 <BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LIs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LI&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LIs&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.310427 </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ polarization ]<BR>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000032&nbsp; </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ exclusions ]<BR>; iatom excluded from interaction with i<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ moleculetype ]<BR>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<BR>NA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ atoms ]<BR>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NAc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NAc&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.687597&nbsp; <BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NAs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NAs&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.687597 </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ polarization ]<BR>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000157 </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ exclusions ]<BR>; iatom excluded from interaction with i<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ moleculetype ]<BR>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<BR>K&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ atoms ]<BR>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; K&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kc&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.580968 <BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ks&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; K&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ks&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.580968 </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ polarization ]<BR>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00083</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ exclusions ]<BR>; iatom excluded from interaction with i<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ moleculetype ]<BR>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<BR>RB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ atoms ]<BR>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RBc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RBc&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.031161&nbsp; <BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RBs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RBs&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.031161 </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ polarization ]<BR>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00137 </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ exclusions ]<BR>; iatom excluded from interaction with i<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ moleculetype ]<BR>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<BR>CS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ atoms ]<BR>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CSc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CSc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.665877&nbsp;&nbsp; <BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CSs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CSs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.665877 </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ polarization ]<BR>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00236</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ exclusions ]<BR>; iatom excluded from interaction with i<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">SWM4-NDP water model:</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">; <BR>; Topology file for SSWM4-NDP<BR>;<BR>; Lamoureux, G.; Harder, E.; Vorobyov, I. V.; Roux, B.; MacKerell, A. D.<BR>; A polarizable model of water for molecular dynamics simulations of biomolecules. <BR>; Chem. Phys. Lett. 2006, 418 (1-3), 245-249.<BR>;<BR>; Possible defines that you can put in your topol.top:<BR>; -FLEXIBLE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Flexible model <BR>; -DPOSRES_WATER&nbsp; Position restrain oxygen atoms<BR>;</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ moleculetype ]<BR>; molname&nbsp;nrexcl<BR>SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;2</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ atoms ]<BR>; id&nbsp; at type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; res nr&nbsp; res name&nbsp; at name&nbsp; cg nr&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass<BR>&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; OW_swm4ndp&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.71636&nbsp;&nbsp; 15.99940<BR>&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; HW_swm4ndp&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.55733&nbsp;&nbsp; 1.00800<BR>&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; HW_swm4ndp&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.55733&nbsp;&nbsp; 1.00800<BR>&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; MW_swm4ndp&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.11466&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; OD_swm4ndp&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.71636&nbsp;&nbsp; 0.00000</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ polarization ]<BR>; See notes above.&nbsp;alpha (nm^3)<BR>1&nbsp;5&nbsp;1 &nbsp;0.00097825&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">#ifndef FLEXIBLE</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ settles ]<BR>; i&nbsp;funct&nbsp;doh&nbsp;dhh<BR>1&nbsp;1&nbsp;0.09572&nbsp;0.15139</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">#else</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ bonds ]<BR>; i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; j&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp; length&nbsp; force.c.<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09572 502416.0 <BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09572 502416.0 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>[ angles ]<BR>; i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; j&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; k&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp; angle&nbsp;&nbsp; force.c.<BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 104.52&nbsp; 628.02&nbsp; </SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">#endif</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px"><BR>[ dummies3 ]<BR>; The position of the dummies is computed as follows:<BR>;<BR>;&nbsp;&nbsp;O<BR>;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;D<BR>;&nbsp;&nbsp; <BR>;&nbsp;H&nbsp;&nbsp;H<BR>;<BR>; 2 * b = distance (OD) / [ cos (angle(DOH)) &nbsp;* distance (OH) ]<BR>;&nbsp;&nbsp; 0.024034 nm&nbsp;/ [ cos (104.52 / 2 deg) * 0.09572 nm&nbsp;]<BR>; Dummy pos x4 = x1 + a*(x2-x1) + b*(x3-X1)<BR>;<BR>; Dummy from&nbsp;&nbsp;&nbsp;funct&nbsp;a&nbsp;&nbsp;b<BR>4&nbsp;1&nbsp;2&nbsp;3&nbsp;1&nbsp;0.205109464&nbsp;0.205109464</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">[ exclusions ]<BR>; iatom excluded from interaction with i<BR>1&nbsp;2&nbsp;3&nbsp;4&nbsp;5<BR>2&nbsp;1&nbsp;3&nbsp;4&nbsp;5<BR>3&nbsp;1&nbsp;2&nbsp;4&nbsp;5<BR>4&nbsp;1&nbsp;2&nbsp;3&nbsp;5<BR>5&nbsp;1&nbsp;2&nbsp;3&nbsp;4</SPAN></DIV>
<DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 16px">&nbsp;</DIV></SPAN></td></tr></table>