Ok, Thanks. I will go through it and post if their is any trouble.<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 16, 2011 at 3:23 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Nitin Agrawal wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
<br>
I want to apply orientation restraints for my helix but am not ble to understand how to. Please help me. Also how can I generate the itp file for orientation restraints?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Orientation restraints are discussed in section 4.3.5 of the manual, which includes an example [orientation_restraints] directive.  Start there, and if you still require additional information, please post what you are trying to accomplish, what you have tried, and what didn&#39;t work.<br>


<br>
-Justin<br>
<br>
--<br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Regards,<br>Nitin Agrawal,<br>Master&#39;s Student (Bioinformatics)<br>University of Turku,Finland<br>B.Tech (Biotechnology)<br>National Institute of Technology,Durgapur,India<br>

Blog:<a href="http://notjustanyotherblog.blogspot.com/" target="_blank">http://notjustanyotherblog.blogspot.com/</a><br>