<div dir="rtl"><div dir="ltr">Thanks for your replies. </div>
<div dir="ltr">I would like to clarify regarding my first questionn. I don&#39;t want a g_dist matrix. I would like to get a covariance matrix where the values correspond to absolute distance and not dived into different dimensions. for example say I have a protein with 100 aa and I run g_covar only on Ca I&#39;ll get a 300X300 covariance matrix instead of a 100X100 matrix which is what I want. is there any built in command in Gromacs that will give me this?</div>

<div dir="ltr"> </div>
<div dir="ltr">Thanks,</div>
<div dir="ltr">Gideon<br clear="all"><br></div></div>