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    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 16/08/2011 7:05 AM, Elisabeth wrote:

    <blockquote

cite="mid:CAGioFshPYyO1PJQ3tOLNKtcsDjE-kgbBQom+UrQYKRhBSJW5WQ@mail.gmail.com"

      type="cite">Dear all,<br>

      <br>

      I noticed that applying Parrinello-Rahman (PR) pressure coupling

      even after equilibration with berendsen does not lead to target

      value for pressure when <br>

      <br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Bonds<br>

      constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; = none<br>

      <br>

      is used.</blockquote>

    <br>

    The use of constraints and the integration step size is linked.

    Roughly speaking, no constraints should accompany a 0.5 fs time

    step, H-bond constraints with 1fs and all constraints with 2fs.

    Haphazard changes to .mdp files have all kinds of these "gotchas".<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAGioFshPYyO1PJQ3tOLNKtcsDjE-kgbBQom+UrQYKRhBSJW5WQ@mail.gmail.com"

      type="cite"> I tried Berendsen for to get fixed pressure ( 50 bar)

      but in the next run PR even for long time is giving 52 bar. This

      is the case for other target pressures too.<br>

    </blockquote>

    <br>

    You need to be sure to collect statistics only after equilibration,

    and consider whether the observed variation is consistent with

    convergence to a given value.<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAGioFshPYyO1PJQ3tOLNKtcsDjE-kgbBQom+UrQYKRhBSJW5WQ@mail.gmail.com"

      type="cite"><br>

      So this made me select Berenden which is giving target pressure

      values but my concern is whether my results are reliable because

      BR does not give the exact ensemble as PR. I read somewhere on the

      list that fluctuation properties can not be calculated when BR is

      used.&nbsp; What does "fluctuation property" mean?<br>

    </blockquote>

    <br>

    BR does not produce the correct ensemble. I forget the details about

    why, but there are references in the T-coupling section of the

    manual you should consider.<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAGioFshPYyO1PJQ3tOLNKtcsDjE-kgbBQom+UrQYKRhBSJW5WQ@mail.gmail.com"

      type="cite">Does this mean that any property calculated form

      fluctuations of some other quantity can not be obtained&gt;? like

      heat capacity which is defined based on enthalpy fluctuations? <br>

    </blockquote>

    <br>

    IIRC, yes.<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAGioFshPYyO1PJQ3tOLNKtcsDjE-kgbBQom+UrQYKRhBSJW5WQ@mail.gmail.com"

      type="cite">I am interested in potential energy terms (g_energy

      bonded/non boned terms) </blockquote>

    <br>

    I routinely struggle to see why people think they can learn anything

    from these.<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAGioFshPYyO1PJQ3tOLNKtcsDjE-kgbBQom+UrQYKRhBSJW5WQ@mail.gmail.com"

      type="cite">and structural properties like rdf for a number of

      polymer molecules, system size around 3000 atoms. <br>

      <br>

      Thank you for your comments.<br>

      Best,<br>

      <br>

      constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; = none&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      <br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Run control&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      <br>

      <br>

      nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

      nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      <br>

      coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Shift&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Shift&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      rcoulomb-switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      rvdw-switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9 ;0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      <br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Cut-offs<br>

      rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.25&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

      rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      <br>

      Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; v-rescale&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

      tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; System&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      <br>

      Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; isotropic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 3.5e-5 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

      ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      <br>

      &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>

      gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>

      gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

      <br>

      <br>

      <br>

      <br>

      <br>

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>