<div class="gmail_quote">Dear users, <br><br>While calculating the box dimensions during a simulation<br>of 20ns I got some strange values of the averages -<br><br>Command used:<br>g_energy -f ener.edr -o box.xvg<br><br>Output:<br>
Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>

-------------------------------------------------------------------------------<br>Box-X                    0.00665539        1.4   0.219101   -4.28575  (nm)<br>Box-Y                    0.00665606        1.4   0.219101   -4.28574  (nm)<br>


Box-Z                    0.00470607          1   0.154928   -3.03048  (nm)<br><br>While the actual dimensions are 7.2, 7.2 and 5.1 respectively. I use<br>Gromacs-4.5.3, and 4.5.4 version also gave the same error. But <br>

when the .xvg file is examined it does not show much of the 
error<br>indicated here. I also checked whether the is any discontinuity in <br>the .edr file using gmxcheck and there was data from 0 to 20ns <br>with no such discontinuity. I am attaching the corresponding .xvg plot. <br>

I had a similar  problem before, and I was asked to check using <br>the new version. Which I did ad there was no difference. Meanwhile <br>I calculated the average values using other tools which gave 7.2, 7.2<br>and 5.1 respectively. So What is the problem here. Kindly clarify the confusion.<br>

<br>Thanking you<br>With Regards<br><font color="#888888"><font color="#888888">M. Kavyashree</font>
</font></div><br>