And I am happy to report that this method produces a viable starting structure :)<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 18, 2011 at 7:02 PM, Michael Daily <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mdaily.work@gmail.com">mdaily.work@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">I tried an experiment similar to yours - after converting the POPE&#39;s to POPC&#39;s when I remove all waters that are near the (lipid-emulsified) nanoparticle based on a radial criterion and then run genbox again, the total number of waters decreases by about 1100.  Compared to a control case (ran genbox on the starting structure) that added 1600 waters, this means a net loss of about 2700 waters.<div>

<br></div><div>In any case this is an important discussion for any of you running MARTINI models - yes it&#39;s straightforward to &quot;convert&quot; lipid molecules but the result can be a terrible starting structure - fortunately the system can be regenerated from scratch with a new lipid config overnight.<div>
<div></div><div class="h5"><br>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 17, 2011 at 11:54 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div>On 18/08/2011 4:32 PM, Michael Daily wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi all,<br>
<br>
I am looking for a relatively easy way to make minor modifications to a solvated system in gromacs without having to replace the whole solvent layer.  Specifically, I&#39;m swapping out some molecules (technically, just swapping residue and atom names) in a MARTINI model and I think this causes clashes with the first solvation shell if I increase the size of the headgroup (e.g. POPE -&gt; POPC).  So what I want to do is simply find any solvent molecules that have severe clashes after this modification and remove them - I know genbox checks for overlaps in this way when initially solvating a system, so is it possible to make it check for and remove such overlaps in an EXISTING system?<br>


</blockquote>
<br></div>
No.<br>
<br>
One way to test your hypothesis is to strip the waters from POPC, resolvate it with the right atom size, change it to POPE, solvate the previously-solvated structure and see if more waters get added. Now they&#39;ll be in a contiguous lump at the end of the .gro file.<br>


<br>
Mark<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div></div></div><font color="#888888">-- <br><font><font size="2">====================================<br>
Michael D. Daily<br>
Postdoctoral research associate<br>
Pacific Northwest National Lab (PNNL)<br>
<a href="tel:509-375-4581" value="+15093754581" target="_blank">509-375-4581</a><br>
(formerly Qiang Cui group, University of Wisconsin-Madison)</font></font><br>
</font></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><font><font size="2">====================================<br>
Michael D. Daily<br>
Postdoctoral research associate<br>
Pacific Northwest National Lab (PNNL)<br>
509-375-4581<br>
(formerly Qiang Cui group, University of Wisconsin-Madison)</font></font><br>