<DIV><SPAN>On 18/08/11, <B class=name>Anupam Nath Jha </B>&lt;anupam@mbu.iisc.ernet.in&gt; wrote:</SPAN></DIV><BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: #00f 1px solid; PADDING-LEFT: 13px; MARGIN-LEFT: 0px" class=iwcQuote cite=mid:37051.10.16.40.11.1313667526.squirrel@mbu.iisc.ernet.in type="cite">
<DIV class="mimepart text plain"><br />Dear all<br /><br />I am running a MD (Gromacs - 4.5.3) in VSMP cluster with 24nodes.<br /><br />I am writing log files for different ns (1-10) in different files i.e. different<br />files for each nano second . The performance goes like following:<br /><br />--------------------------<br />for 1st ns:<br /><br />&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (Mnbf/s)&nbsp;&nbsp; (GFlops)&nbsp;&nbsp; (ns/day)&nbsp; (hour/ns)<br />Performance:&nbsp;&nbsp; 1444.719&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 85.902&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.946&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.082<br />Finished mdrun on node 0 Tue Aug 16 21:46:02 2011<br /><br />at 2nd ns:<br /><br />&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (Mnbf/s)&nbsp;&nbsp; (GFlops)&nbsp;&nbsp; (ns/day)&nbsp; (hour/ns)<br />Performance:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 560.393&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.322&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.531&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.679<br />Finished mdrun on node 0 Wed Aug 17 13:27:38 2011<br />------------------<br /><br />and in case of 3rd ns:<br />&nbsp;it didn't complete the all steps and went in next.<br /><br />Is it the problem with the gromacs?</DIV></BLOCKQUOTE>
<DIV>&nbsp;</DIV><DIV>Probably not.&nbsp;Assuming you have kept everything else&nbsp;constant, it is likely that other activity&nbsp;on the machine or file system&nbsp;is delaying you somehow. However, in the absence of much basic information (like how many processors you are trying to use) we can't suppose much. Copying and pasting command lines is useful.&nbsp;</DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV>Mark</DIV>