Hi justin <br><br><br><br>in the tutorail you have <font size="3">

<p>It is not necessary to run a complete energy minimization procedure 
on the bilayer, although you can if you want.  The .tpr file contains 
information about bonding and periodicity, so it can, in a sense, be 
used to reconstruct &quot;broken&quot; molecules.</p><p><br></p><p>when i tried using the minimized gro file i go this error <br></p></font>Fatal error:<br>Structure or trajectory file has more atoms (3655) than the topology (1792)<br>
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br><br><br><br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div><div class="h5"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
</blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>