Indeed, gromacs (non-mpi) will use all the resources available. If you do not want that you can control de number of threads created with the -nt option of mdrun.<br><br>regards<br><br>Felipe<br>
<br>
<blockquote>
----Mensaje original----<br>De: wgallin@ualberta.ca<br>Fecha: 18-ago-2011 19:26<br>Para: "Discussion list for GROMACS users"&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Asunto: Re: [gmx-users] more than 100% CPU<br><br>I believe that the current version of GROMACS supports threading, which does not require mpi.<br><br>So mdrun is running threads at 100% of the activity of each of your 16 nodes, hence 1600%.<br><br>Warren Gallin<br><br>On 2011-08-18, at 5:19 PM, Park, Jae Hyun nmn wrote:<br><br>&gt; Hi GMX users,<br>&gt;&nbsp; <br>&gt; I installed GMX 4.5.3 recently.<br>&gt; But, when I just execute mdrun (without mpi, I did not installed mpi-version of mdrun), the use of CPU appears more than 100% (?top? command in LINUX). How is it possible?<br>&gt; For example, I am using 16-node machine. And if I simply run ?mdrun?, then&nbsp; use of CPU is 1600%!!.<br>&gt; The simulation runs well and the results looks reasonable.<br>&gt; Is there anybody who can teach me what is happening? I would deeply appreciate.<br>&gt;&nbsp; <br>&gt; Best,<br>&gt; Jae H. Park<br>&gt;&nbsp; <br>&gt; =======================<br>&gt; Jae Hyun Park, Ph. D.<br>&gt; Physics Division<br>&gt; Oak Ridge National Laboratory<br>&gt; PO. Box 2008, MS-6372<br>&gt; Oak Ridge, TN 37831<br>&gt; Phone (865) 241-1482<br>&gt; E-mail parkj@ornl.gov<br>&gt;&nbsp; <br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br><br>--<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br><br></blockquote><br>