<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Chris and Justin,<div><br></div><div><div><div>On 18/08/2011, at 9:36 AM, Justin A. Lemkul wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div><br><br><a href="mailto:chris.neale@utoronto.ca">chris.neale@utoronto.ca</a> wrote:<br><blockquote type="cite">You'll need to provide a much better report than this if you want to receive any useful help.<br></blockquote><blockquote type="cite">Copy and paste the exact commands of what you did<br></blockquote><blockquote type="cite">Copy and paste the exact log file and error messages<br></blockquote><br></div></blockquote><div><br></div><div>The command I had used (for both 4.0.7 and 4.5.4) are:</div><div><br></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">pdb2gmx -f 1EXR.pdb -o 1EXR.gro -water spc -ignh -p 1EXR.top -i 1EXR.itp<br>editconf -f 1EXR.gro -o 1EXR_box.gro -c -d 1.4 -bt cubic<br><br>genbox -cp 1EXR_box.gro -cs spc216.gro -o 1EXR_solv.gro -p 1EXR.top -seed 5<br><br>grompp -f em.mdp -c 1EXR_solv.gro -p 1EXR.top -o ions.tpr<br>genion -s ions.tpr -o 1EXR_solv_ions.gro -p 1EXR.top -pname NA+ -nname CL- -np 17 -seed 66</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">grompp -f em.mdp -c 1EXR_solv_ions.gro -p 1EXR.top -o em.tpr<br><br>mpirun mdrun_d_mpi -v -s em.tpr -x 1EXR_em.xtc -e 1EXR_em.edr -g 1EXR_em.log -c 1EXR_em.gro<br><br>grompp -f pr.mdp -c 1EXR_em.gro -p 1EXR.top -o pr.tpr<br><br>mpirun mdrun_d_mpi -v -stepout 1000 -s pr.tpr -x 1EXR_pr.xtc -e 1EXR_pr.edr -g 1EXR_pr.log -o 1EXR_pr.trr -c 1EXR_pr.gro<br><br>grompp -f md_start.mdp -c 1EXR_pr.gro -p 1EXR.top -o md.tpr<br><br>mpirun mdrun_d_mpi -v -stepout 10000 -s md.tpr -x 1EXR_md.xtc -e 1EXR_md.edr -g 1EXR_md.log -o 1EXR_md.trr -c 1EXR_md.gro&nbsp;</font><br><br></div><div>The em.mdp:</div><div>i<font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">ntegrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;steep<br>maximum number of steps to integrate<br>nsteps<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>&nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;50000<br>;Energy minimizing stuff<br>emstep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0.001<br>emtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;100.0<br><br>; OPTIONS FOR BONDS<br>constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;none<br><br><br>; OUTPUT CONTROL OPTIONS<br>; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)<br>nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1000<br>nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1000<br>nstfout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1000<br>; Output frequency and precision for xtc file<br>nstxtcout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1000<br>xtc-precision &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1000<br>; Energy monitoring<br>energygrps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;system<br><br>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<br>; nblist update frequency<br>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;5&nbsp;<br>; ns algorithm (simple or grid)<br>ns-type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;Grid<br>; nblist cut-off&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.8<br><br>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>; Method for doing electrostatics<br>coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Reaction-Field<br>rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.4<br>; Dielectric constant (DC) for cut-off or DC of reaction field<br>epsilon-rf &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 62<br>; Method for doing Van der Waals<br>vdw-type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Cut-off<br>; cut-off lengths&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.4<br>; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure<br>DispCorr &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = No<br><br>; Center of mass control<br>nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1000<br>; Periodic boundary conditions&nbsp;<br>pbc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;xyz<br>; Mode for center of mass motion removal<br>comm-mode &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;linear<br>; Groups for center of mass motion removal<br>comm-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;system</font><br><br></div><div>the pr.mdp:</div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">define &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;-DPOSRES<br><br>integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;md<br>dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;0.002<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>; ps !<br>nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;50000<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>; total 100ps.<br><br>; OPTIONS FOR BONDS<br>; Constrain control<br>constraints<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;all-bonds<br>; Do not constrain the start configuration<br>continuation &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br>; Type of constraint algorithm<br>constraint-algorithm &nbsp; &nbsp; = &nbsp;lincs<br><br>; OUTPUT CONTROL OPTIONS<br>; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)<br>nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;100000<br>nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;100000<br>nstfout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;100000<br>; Output frequency and precision for xtc file<br>nstxtcout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;5000<br>xtc-precision &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;1000<br>; Energy monitoring<br>energygrps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;Protein<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Non-protein<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><br>nstenergy<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;5000<br><br>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<br>; nblist update frequency<br>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;5&nbsp;<br>; ns algorithm (simple or grid)<br>ns-type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;Grid<br>; nblist cut-off&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;0.8<br><br>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>; Method for doing electrostatics<br>coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Reaction-Field&nbsp;&nbsp;<br>rcoulomb&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>&nbsp;= 1.4&nbsp;<br>epsilon_rf<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>&nbsp;= 62 &nbsp; &nbsp;; As suggested at J Comput Chem. 2004 Oct;25(13):1656-76.<br>vdw-type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Cut-off<br>; cut-off lengths&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.4<br>; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure<br>DispCorr &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<br><br>; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS<br>; Temperature coupling&nbsp;&nbsp;<br>tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = berendsen<br>; Groups to couple separately, time constant (ps) and reference temperature (K)<br>tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Protein &nbsp; &nbsp; Non-Protein<br>tau-t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1<br>ref-t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 300<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;300<br>; Pressure coupling&nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = berendsen<br>Pcoupltype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = isotropic<br>; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)<br>tau_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.0&nbsp;<br>compressibility &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;4.5e-5&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>ref_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.0<br>; Generate velocites is on at 290K - do not get velocity from gro file.<br>gen_vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;yes<br>gen_temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;290<br>gen-seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;-1<br><br><br><br>; Center of mass control<br>nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1000<br>; Periodic boundary conditions&nbsp;<br>pbc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;xyz<br>; Mode for center of mass motion removal<br>comm-mode &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;Linear<br>; Groups for center of mass motion removal<br>comm-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;system</font><br><br></div><div>and the md.mdp:</div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;md<br>dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;0.002<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>; ps !<br>nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;2500000<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>; total 5ns.<br><br>; OPTIONS FOR BONDS<br>; Constrain control<br>constraints<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;all-bonds<br>; Do not constrain the start configuration<br>continuation &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;no<br>; Type of constraint algorithm<br>constraint-algorithm &nbsp; &nbsp; = &nbsp;lincs<br><br>; OUTPUT CONTROL OPTIONS<br>; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)<br>nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;100000<br>nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;100000<br>nstfout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;100000<br>; Output frequency and precision for xtc file<br>nstxtcout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;5000<br>xtc-precision &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;1000<br>; Energy monitoring<br>energygrps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;Protein<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Non-Protein<br>nstenergy<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1000<br><br>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<br>; nblist update frequency<br>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;5&nbsp;<br>; ns algorithm (simple or grid)<br>ns-type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;Grid<br>; nblist cut-off&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;0.8<br><br>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>; Method for doing electrostatics<br>coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Reaction-Field&nbsp;&nbsp;<br>rcoulomb&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>&nbsp;= 1.4&nbsp;<br>epsilon_rf<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>&nbsp;= 62 &nbsp; &nbsp;; As suggested at J Comput Chem. 2004 Oct;25(13):1656-76.<br>vdw-type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Cut-off<br>; cut-off lengths&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.4<br>; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure<br>DispCorr &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<br><br>; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS<br>; Temperature coupling&nbsp;&nbsp;<br>tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = berendsen<br>; Groups to couple separately, time constant (ps) and reference temperature (K)<br>tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Protein<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Non-Protein<br>tau-t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>0.1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;<br>ref-t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 300<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>300<br>; Pressure coupling&nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = berendsen<br>Pcoupltype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = isotropic<br>; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)<br>tau_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.0<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><br>compressibility &nbsp; &nbsp;&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;4.5e-5&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>ref_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= &nbsp;1.0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>; Generate velocites is on at 290K - do not get velocity from gro file.<br>gen_vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;yes<br>gen_temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;290<br>gen-seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;-1<br><br>; Center of mass control<br>nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;10000<br>; Periodic boundary conditions&nbsp;<br>pbc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;xyz<br>; Mode for center of mass motion removal<br>comm-mode &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;Linear<br>; Groups for center of mass motion removal<br>comm-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;system</font><br><br></div><div>The error message we got are LINCS related, eg:</div><div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">Step 40941, time 40.941 (ps) &nbsp;LINCS WARNING</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">relative constraint deviation after LINCS:</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">rms 0.000021, max 0.000112 (between atoms 981 and 982)</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">bonds that rotated more than 30 degrees:</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">&nbsp;atom 1 atom 2 &nbsp;angle &nbsp;previous, current, constraint length</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">&nbsp; &nbsp; 981 &nbsp; &nbsp;982 &nbsp; 34.0 &nbsp; &nbsp;0.0998 &nbsp; 0.1000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1000</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">Step 40942, time 40.942 (ps) &nbsp;LINCS WARNING</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">relative constraint deviation after LINCS:</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">rms 0.000140, max 0.001170 (between atoms 981 and 982)</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">bonds that rotated more than 30 degrees:</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">&nbsp;atom 1 atom 2 &nbsp;angle &nbsp;previous, current, constraint length</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">&nbsp; &nbsp; 981 &nbsp; &nbsp;982 &nbsp; 31.7 &nbsp; &nbsp;0.1000 &nbsp; 0.1001 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1000</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">Step 40943, time 40.943 (ps) &nbsp;LINCS WARNING</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">relative constraint deviation after LINCS:</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">rms 0.000106, max 0.000860 (between atoms 981 and 982)</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">bonds that rotated more than 30 degrees:</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">&nbsp;atom 1 atom 2 &nbsp;angle &nbsp;previous, current, constraint length</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">&nbsp; &nbsp; 981 &nbsp; &nbsp;982 &nbsp; 30.2 &nbsp; &nbsp;0.1001 &nbsp; 0.1001 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1000</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">Step 40944, time 40.944 (ps) &nbsp;LINCS WARNING</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">relative constraint deviation after LINCS:</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">rms 0.000053, max 0.000571 (between atoms 979 and 981)</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">bonds that rotated more than 30 degrees:</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">&nbsp;atom 1 atom 2 &nbsp;angle &nbsp;previous, current, constraint length</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">&nbsp; &nbsp; 981 &nbsp; &nbsp;982 &nbsp; 35.2 &nbsp; &nbsp;0.1001 &nbsp; 0.1000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1000</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">Step 40945, time 40.945 (ps) &nbsp;LINCS WARNING</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">relative constraint deviation after LINCS:</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">rms 0.000225, max 0.001915 (between atoms 981 and 982)</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">bonds that rotated more than 30 degrees:</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">&nbsp;atom 1 atom 2 &nbsp;angle &nbsp;previous, current, constraint length</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">&nbsp; &nbsp; 981 &nbsp; &nbsp;982 &nbsp; 36.4 &nbsp; &nbsp;0.1000 &nbsp; 0.0998 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1000</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">-------------------------------------------------------</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">Program mdrun_mpi_bg, VERSION 4.5.4</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">Source code file: ../../../gromacs-4.5.4/src/mdlib/constr.c, line: 176</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">Fatal error:</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">Too many LINCS warnings (1000)</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in your mdp file</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">but normally it is better to fix the problem</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'">-------------------------------------------------------</font></div><div><br></div></div><div>&nbsp;Now, I think that there is some problem with gromacs 4.5.4 because the <b>same</b> system, using the <b>same</b> run parameter was successfully simulated using 4.0.7. I used GROMOS53a6 with SPC water whenever running this protein. The only difference between a crash and a successful run was gromacs version.</div><br><blockquote type="cite"><div>I'd also add that we need a detailed description of the system, including force field used and any other special considerations (distance restraints, modified parameters, etc). &nbsp;An .mdp file would also be useful for the run that crashes.<br></div></blockquote><div><br></div><div>The only constraints I had in the system LINCS of all bonds. I didn't modified the FF in anyway.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Itamar</div><br><blockquote type="cite"><div><br>-Justin<br><br><blockquote type="cite">Do this for 4.0.7 and 4.5.4, for which I trust that you have been using exactly identical test systems. If not, then please try it again while conserving the system.<br></blockquote><blockquote type="cite">Chris.<br></blockquote><blockquote type="cite">-- original message --<br></blockquote><blockquote type="cite">Hi Matthew,<br></blockquote><blockquote type="cite">Thanks for the reply. First, I don't thinks it is poorly compiled bin, as I<br></blockquote><blockquote type="cite">used both GROMACS compiled by me (on my machine) or by the sys-admin on<br></blockquote><blockquote type="cite">Linux cluster or blue-gene.<br></blockquote><blockquote type="cite">The simulations using 4.5.4 crashed giving LINCS error, which is not the<br></blockquote><blockquote type="cite">case with 4.0.7 (using the same mdp and pdb files). Second, I don't thinks<br></blockquote><blockquote type="cite">it is poorly compiled bin, as I used both GROMACS compiled with me (on my<br></blockquote><blockquote type="cite">machine) or by the sys-admin on Linux cluster/blue-gene.<br></blockquote><blockquote type="cite">cheers,<br></blockquote><blockquote type="cite">Itamar<br></blockquote><blockquote type="cite">On 18 August 2011 01:48, Matthew Zwier &lt;mczwier at <a href="http://gmail.com">gmail.com</a>&gt; wrote:<br></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">Could be a system blowing up, or perhaps a mis-compiled binary. &nbsp;What<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">error messages do you get when the crash occurs?<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite"><br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">On Tue, Aug 16, 2011 at 9:48 PM, Itamar Kass &lt;itamar.kass at <a href="http://monash.edu">monash.edu</a>&gt;<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">wrote:<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt; Hi all GROMACS useres and developers,<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt;<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt; I am interesting in simulating a small protein (~140 aa) in water, with<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">and without Ca ions. In order to do so, I had used version 4.5.4. I had<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">solvate the protein in water, add ions to naturalise the systems,<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">equilibrated the systems and then tried productive runs. Now, no matter what<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">I did, it crashed after few ps's of free MD or during the PR runs.<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt;<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt; Few of the things I had tried are:<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt; 1. Running the simulations on different systems (OSX, linux or<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">blue-gene).<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt; 2. Using single or double precision versions.<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt; 3. An equilibration stage, 1ns long with a time-step of 1fs, during which<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">the restrained forces where gradually reduced from 1000 to 50 kJ mol-1 nm-2.<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt; 4. Running part of the equilibration stage as NVT and then switched to<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">NPT.<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt; 5. Started from different x-ray structures, with resolutions differ from<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">2.5 to 1.7 Angstrom.<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt;<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt; Finally I had moved back to 4.0.7 which worked like charm. I wonder if<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">someone else had encounter something like this. Attached please find the mdp<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">files I used.<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt;<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt; All the best,<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt; Itamar.<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt;<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt;<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt;<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">&gt;<br></blockquote></blockquote><br>-- <br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>-- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;gmx-users@gromacs.org<br>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br></div></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true">-----<br>"In theory, there is no difference between theory and practice. But, in practice, there is." - Jan L.A. van de Snepscheut<br><br>===========================================<br>| Itamar Kass, Ph.D.<br>| Postdoctoral Research Fellow<br>|<br>| Department of Biochemistry and Molecular Biology<br>| Building 77 Clayton Campus<br>| Wellington Road<br>| Monash University,<br>| Victoria 3800<br>| Australia<br>|<br>| Tel: +61 3 9902 9376<br>| Fax: +61 3 9902 9500<br>| E-mail: <a href="mailto:Itamar.Kass@monash.edu">Itamar.Kass@monash.edu</a><br>============================================<br></div><br></div></body></html>