<div dir="ltr">Hi, Justin:<br>     Thank you for the reply.<br>     But I am not sure for gromacs 4.5.4. since for gromacs 3.3.1, I only need one itp file for my forcefield. Should I just split this forcefield.itp file into two different part, and write a new forcefield.itp which says &quot;#include ffnonbonded.itp, #included ffbonded.itp&quot;?<br>
     Is there any suggestion how I can do that properly?<br>     Thank you very much.<br><br>Ye<br><br><div class="gmail_quote">2011/8/18 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
Ye Yang wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi, everyone:<br>
     I am using a forcefield PACE(modified) from my friends.<br>
     Since there was a small program generating some dihedral terms based on gromacs3.3.1, I need to use gromacs 3.3.1 to generate the gromacs file.<br>
    Previously, for the npt/nvt, I was also using grompp (gromacs 3.3.1) to generate the simulation file and run it in gromacs 4.5.4, it works perfectly. However, I met some problem: since the pulling (constant velocity or force)in gromacs 3.3.1 is totally different from gromacs 4.5.4, I cannot use the same method, so I turned to grompp 4.5.4.<br>

    However, I met the same problem of &quot;atomtype Nr not found each time&quot;. It is the N of Arg in this force field<br>
    I have already created the folder in the /home/yy58/gromacs/share/<u></u>gromacs/top folder and tried gmx2pdb in gromacs 4.5.4, which can create the gro file and top file (so as I see, it seems the adding of the force field is correct.).<br>

    The folders PACE_13_NAMD.ff/ has the following files:<br>
    aminoacids.c.tdb  aminoacids.n.tdb  atomtypes.atp   forcefield.itp<br>
aminoacids.ddb    aminoacids.r2b    cg216water.gro  watermodels.dat<br>
aminoacids.hdb    aminoacids.rtp    cgWater.itp<br>
<br>
<br>
 I already included the itp file in the top file:<br>
<br>
in the top file, it indeed has:<br>
<br>
    ; Include forcefield parameters<br>
#include &quot;PACE_13_NAMD.ff/forcefield.<u></u>itp&quot;<br>
<br>
Also in the forcefield.itp file, it has:<br>
<br>
Nr           16.000      0.000      A       0.0      0.0<br>
<br>
Similarly, in the file atomtypes.atp, aminoacids.rtp, the definition of Nr also exists correctly (I have checked it and also use grompp to run it in gromacs3.3.1, which does not have any trouble).<br>
<br>
Right now, I am really confused what is going on, could someone please help me with this?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div>
You are missing the ffnonbonded.itp and ffbonded.itp files, which causes your force field to break.  The ffnonbonded.itp file is the source of this particular error, since that is where grompp looks to find the nonbonded parameters for each atom type (among other things).<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
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