Hi all,<br><br>I have a small molecule with a part like:<br><br>CH1 --- CH1 --- S --- CH2 --- CH1<br>             |<br>             CH1<br><br>I first tried PRODRG, and it turned out PRODRG assigned bond, angle, and dihedral parameters according what are already present in the gromos53a6.ff/ffbonded.itp file. Since this file does not contain information regarding this CH1 --- S --- CH2 pattern, PRODRG just assigned bond (gb_31),angle (ga_4) as if my molecule has CH3 --- S --- CH2 pattern, and dihedral parameters for CH1 -- CH1 -- S -- CH2 as if it was CH1 -- CH2 -- S -- CH2.<br>

<br>So I guess I have to do this manually. But as no corresponding parameters defined in ffbonded.itp file, should I derive these parameters via chemical intuition and try validate them in some way?<br><br>Or is there an easier alternative way to do this?<br>

<br>Thanks for any suggestion!<br><br>Yun<br>