<div dir="ltr">&quot;-ter&quot; or &quot;-inter&quot; options of pdb2gmx are working fine with all force fields except amber force field. I cant select the terminal groups when I use amber ff, it directly goes through the generation of top files without asking any options for terminal group selection. I just want to use the none option for the terminals (with amber ff). any suggestion?<br>

<br>Regards,<br>Vijay<br><br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Date: Fri, 19 Aug 2011 15:31:04 +0200<br>
From: Vijayaraj &lt;<a href="mailto:vijayaraj81@gmail.com">vijayaraj81@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] -ter option with pdb2gmx<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID:<br>
        &lt;CAE-dxS-xCLP=pVjgERGKm2yoj0qO=2B7QQQx5p=5Wa=<a href="mailto:vAJ4BLw@mail.gmail.com">vAJ4BLw@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
Hello,<br>
<br>
I am trying to use &quot;-ter&quot; with the pdb2gmx command, seems its not working<br>
fine.<br>
<br>
&gt;pdb2gmx -f &lt;file.pdb&gt; -o &lt;file.gro&gt; -p &lt;file.top&gt; -ter<br>
<br>
I also used &quot;-inter&quot; option, its not working.<br>
I am using 4.5.4 version. any help would be greatly appreciated.<br>
<br>
Regards,<br>
vijay<br>
<br>
</blockquote></div><br></div>