<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Hi,</div><div><br></div><div>&nbsp; I am trying to calculate the density profile of &nbsp;head group of bilayer normal to z direction using gromacs 4.0.7. I was trying to center the density profile about dx/2.dy/2,0 . But, I am finding problem with using center option. I find using -center option does not shift the bilayer to 0.&nbsp;</div><div>The following was my command-lines:</div><div>g_density_4mpi -f ../traj_npt -s ../topol -noxvgr -n ../index -b 600000 -dens number -center -o density_phosphate_symm.xvg<br></div><div><br></div><div>Any help on how to use the center option will be really helpful.</div><div><br></div><div>Sanku</div></div></body></html>