
<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 21/08/2011 2:08 PM, Elisabeth wrote:

    <blockquote

cite="mid:CAGioFsi4z3=X5o8mPmzD7z-2g9tEsxhA_5Yn9xHN-ZEVMv150Q@mail.gmail.com"

      type="cite"><br>

      <br>

      <div class="gmail_quote">On 20 August 2011 21:20, Mark Abraham <span

          dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>

        wrote:<br>

        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt

          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);

          padding-left: 1ex;">

          <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

            <div class="im"> On 20/08/2011 8:02 AM, Elisabeth wrote:

              <blockquote type="cite">Dear experts,<br>

                <br>

                I am intending to calculate the equilibrium density of a

                pure hydrocarbon at different pressures , at 425 K. The

                normal boiling point of the liquid is around 350 K. For

                pressures below 100 bar densities I am getting from NPT

                is in accurate. I start form a structure which is

                compressed to above 0.6 g/cm3 density but since

                temperature is high density goes than to the values

                below.&nbsp; <br>

                <br>

                P = 50 bar &gt; NPT rho=&nbsp;&nbsp; 0.344&nbsp;&nbsp; experimental density

                ~ 0.54<br>

                P&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NPT rho=&nbsp; 0.43&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; experimental

                density ~ 0.55<br>

                <br>

                densities become more accurate for P &gt;100 bar. <br>

                <br>

                P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 500&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp; rho=&nbsp; 0.56&nbsp;&nbsp;&nbsp; experimental density ~

                0.61<br>

                <br>

                I thought maybe you have some idea on how this

                inaccuracy can be improved.<br>

              </blockquote>

              <br>

            </div>

            These could reflect limitations in the model you are using

            (which almost certainly wasn't parametrized upon data like

            this). Your integration time step is twice as large as is

            commonly used in the absence of constraints. Also, be sure

            you are measuring your density only after equilibration, not

            an average that includes the equilibration period - and

            describe that method so people here know you're making such

            sensible measurements.<br>

          </div>

        </blockquote>

        <div><br>

          Hello Mark,<br>

          <br>

          Thank you for your comment. Densities are equilibrated. I am

          not sure what you mean by limitations in the model.</div>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

    Parameters are not magic truth values. They're empirical values that

    have been observed to replicate some experimental or computational

    results - almost invariably room temperature and atmospheric

    pressure. It is not necessarily known how well they reproduce other

    conditions - increasing temperature and pressure may well lead to

    those parameters modelling some alternative reality. Taking a small

    test system and systematically trialling small increases in

    temperature and/or pressure from "normal" will tend to reveal such

    trends. Such results may indicate the need for different

    parametrization. This is typically expensive in computer and human

    time.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAGioFsi4z3=X5o8mPmzD7z-2g9tEsxhA_5Yn9xHN-ZEVMv150Q@mail.gmail.com"

      type="cite">

      <div class="gmail_quote">

        <div> I actually fixed the density and tried NVT using the

          experimental density at 298 and found a full agreement between

          vaporization heat of the liquid and that reported in the

          original OPLS paper. Once I try to obtain the density using

          NPT this inaccuracy in densities appear. I have been using 1

          fs dt with berendsen barostat for 5 ns and collected data over

          the last 1 ns ( there are about 2500 atoms in the system). So

          now I am going to follow your instruction and try dt of 0.5 fs

          for another 5ns along with cpt files from previous barostat

          trial (berendsen). I will get back to you to report the

          results soon.<br>

          <br>

          BTW: I am using version 4.5.4<br>

          <br>

          Thank you,<br>

          <br>

          &nbsp;<br>

        </div>

        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt

          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);

          padding-left: 1ex;">

          <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

            <font color="#888888"> <br>

              Mark</font>

            <div>

              <div class="h5"><br>

                <br>

                <blockquote type="cite">Thank you in advance for your

                  invaluable help.<br>

                  Best,<br>

                  <br>

                  <br>

                  ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Bonds<br>

                  constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; = none&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  constraint-algorithm = lincs<br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Run control&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.001&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5000000 <br>

                  nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  <br>

                  ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Output control<br>

                  nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

                  nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>

                  nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>

                  nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

                  <br>

                  ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Neighbor searching<br>

                  nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  <br>

                  ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Electrostatics/VdW <br>

                  coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Shift&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Shift&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  rcoulomb-switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  rvdw-switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  <br>

                  ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Cut-offs<br>

                  rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.25&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

                  rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  <br>

                  ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature coupling&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; v-rescale&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

                  tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; System&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 425&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Pressure coupling<br>

                  Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; isotropic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 3.5e-5 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

                  ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  <br>

                  ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Velocity generation&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>

                  gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no;yes&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

                  gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 425&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                  gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

                  <br>

                  <br>

                  <br>

                  <br>

                  <br>

                  <fieldset></fieldset>

                  <br>

                </blockquote>

                <br>

              </div>

            </div>

          </div>

          <br>

          --<br>

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      </div>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

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