<HTML>

<HEAD>

<META content="text/html; charset=big5" http-equiv=Content-Type>

<META content="OPENWEBMAIL" name=GENERATOR>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<pre>Sorry for the confusing symbol.

<br />I tried to change it in this new mail.

<br />

<br />Hi,

I want to run mdrun -nt 12 on our cluster.

When I execute,

grompp -f test.mdp -o test.tpr -c ../3eq/eq.gro -t ../3eq/eq.trr -p ../initial/insulin.top -n ../initial/index.ndx

I got the message,

Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 1.00

NOTE 1 [file test.mdp]:

 The optimal PME mesh load for parallel simulations is below 0.5

 and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33,

 for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing

Then I changed my mdp to get

Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.20

Belos is my new mdp file

I change rlist, rcoulumb, and rvdw from 1 to 12 and fourierspacing from 0.2 to 2 to get the lower relative computational load.

I'm afraid these extreme high value caused some bad effect.

title = ttt

cpp = /lib/cpp

constraints = hbonds

;define = -DFLEX_SPC

integrator = md

emtol = 100.0

emstep = 0.005

dt = 0.002 ; ps !

nsteps = 25000000 ; total 50 ns

nstcomm = 5000

nstxout = 5000

nstvout = 5000

nstfout = 5000

nstlog = 5000

nstenergy = 5000

nstlist = 10

ns_type = grid

rlist = 12

rcoulomb = 12

rvdw = 12

coulombtype = PME

fourierspacing = 2

pme_order = 6

optimize_fft = yes

Tcoupl = v-rescale

tc-grps = Protein Non-Protein

;tau_t = 0.1 0.1

tau_t = 0.2 0.2

ref_t = 300 300

energygrps = A-chain B-chain SOL NA

Pcoupl = berendsen

Pcoupltype = isotropic

;tau_p = 0.1

tau_p = 0.25

compressibility = 5.4e-5

ref_p = 1.0

gen_vel = yes

gen_temp = 300

gen_seed = 173529

Sincerely yours,

Hsin-Lin</pre>

</BODY>

</HTML>