<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt"><div><br></div><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><br><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><font face="Tahoma" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> KONG Xian &lt;xianshine@gmail.com&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> ljggmx@yahoo.com.sg<br><b><span style="font-weight: bold;">Cc:</span></b> gmx-users@gromacs.org<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Sunday, 21 August 2011 19:20:50<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re:the mdp parameters for localpressure calculation using gromacs-4.0.2_localpressure<br></font><br><meta http-equiv="x-dns-prefetch-control" content="off">
 
<style><!--
 
 _filtered {font-family:宋体;panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
 _filtered {font-family:"Cambria Math";panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
 _filtered {font-family:Calibri;panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
 _filtered {panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
 
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;margin-bottom:.0001pt;text-align:justify;text-justify:inter-ideograph;font-size:10.5pt;font-family:"sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;text-decoration:underline;}
p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText
        {margin:0cm;margin-bottom:.0001pt;font-size:10.5pt;font-family:"sans-serif";}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {margin:0cm;margin-bottom:.0001pt;text-align:justify;text-justify:inter-ideograph;font-size:9.0pt;font-family:"sans-serif";}
span.EmailStyle17
        {font-family:"sans-serif";color:windowtext;}
span.Char
        {font-family:"sans-serif";}
span.Char0
        {}
.MsoChpDefault
        {}
 
 _filtered {margin:72.0pt 90.0pt 72.0pt 90.0pt;}
div.WordSection1
        {}
--></style><div class="WordSection1"><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">Thanks for your kindly reply. </span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">I used the LINCS calculated the pressure field. The distinct between protein and the lipid bilayer is obvious from the pressure field. </span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">But the lipid bilayer and the water is not very obvious , they seems to be a uniform from the pressure field calculated. As in Ollila</span><span style="font-family:&quot;Courier New&quot;;" lang="EN-US">’</span><span lang="EN-US">s original paper: <i>3D Pressure Field in Lipid Membranes and Membrane-Protein Complexes,</i> there is an distinct separation region between membrane and the water.</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">Maybe the LINCS is the problem.</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">Another problem is perhaps the localpressure software is for CG model? My model
 is all-atom model and the simulation time length is not long enough, maybe this is the cause of the results? </span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">-- </span>From my limited experience, the local pressure calculation converges 
very poorly. It takes more than 50 ns of production run in my case 
to get a converged profile. You can divide the production run into several 
sub-trajectories to judge the convergence.</p><p class="MsoPlainText"><br></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">KONG Xian</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">2011/8/21</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US"> &nbsp;</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">Hi, Kong Xian,</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US"> &nbsp;</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">It is better to use SHAKE instead of LINCS since LINCS does not directly yield pairwise forces, as shown in the paper: Erik Lindahl and Olle Edholm. Spatial and energetic-entropic decomposition of surface tension in lipid bilayers from molecular dynamics simulations. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, VOLUME 113, NUMBER 9, 3882b3893.</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US"> &nbsp;</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">best regards,</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">Jianguo
 </span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US"> &nbsp;</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US"> &nbsp;</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US"> &nbsp;</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US"> &nbsp;</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">________________________________</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">From: KONG Xian &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:xianshine@gmail.com" target="_blank" href="mailto:xianshine@gmail.com">xianshine@gmail.com</a>&gt;</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">To: <a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a></span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">Sent: Friday, 19 August 2011 23:50:01</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">Subject: [gmx-users] the mdp parameters for localpressure calculation using
 gromacs-4.0.2_localpressure</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US"> &nbsp;</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US"> </span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">I have sent this email days ago, but I got no answer.</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">Hope someone would saw it this time. </span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">Sorry for disturbing.</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">Dear all:</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am using gromacs-4.0.2_localpressure to calculate the local pressure of my system.</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I have a question.</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; When rerun the mdrun from gromacs-4.0.2_localpressure I used a new .mdp file.
 There are some changes of the new .mdp file according the original one. I have 2 questions:</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">1.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I changed the The coulomb interaction type from PME to reaction field </span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">with epsilon_r=1 epsilon_rf=78;&nbsp; Is this change feasible?</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">2.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I used LINCS for all bonds in the simulation, and I still use the LINCS </span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">for all bonds when calculate the local pressure. Is this way right? </span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US"> &nbsp;</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US"> </span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">Thanks for any reply.</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US"> </span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">Best
 wishes,</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">KONG Xian</span></p><p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">Tsinghua, Beijing, China</span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> &nbsp;</span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> &nbsp;</span></p></div> <br><br>__________ Information from ESET NOD32 Antivirus, version of virus signature database 6397 (20110821) __________<br><br>The message was checked by ESET NOD32 Antivirus.<br><br><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.eset.com">http://www.eset.com</a><br> <meta http-equiv="x-dns-prefetch-control" content="on"></div></div>



</div></body></html>