It&#39;s reading it as GLY tho so maybe you have NGLY in the wrong column? Maybe try move it over one to the right?<br><br>Oliver<br><br><div class="gmail_quote">On 24 August 2011 09:47, Kamesh Narasimhan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:g0701207@nus.edu.sg">g0701207@nus.edu.sg</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">





<div>
<div style="font-size: 13px; color: rgb(0, 0, 0); direction: ltr; font-family: Tahoma;">
<div>The termini were changed to NXXX/CXXX and the aminoacids.dat file has these two names as well. So nothing very evident.</div>
<div><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div><font face="tahoma" size="2">I can see that there was a thread on precisely this issue --- but how it was resolved is not very evident.</font></div>
<div><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div><a href="http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg18545.html" target="_blank">http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg18545.html</a></div>
<div dir="ltr"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"></font> </div>
<div style="direction: ltr;">
<hr>
<font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><div class="im"><b>From:</b> <a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-bounces@gromacs.org</a> [<a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-bounces@gromacs.org</a>] On Behalf Of Jianguo Li [<a href="mailto:ljggmx@yahoo.com.sg" target="_blank">ljggmx@yahoo.com.sg</a>]<br>


</div><b>Sent:</b> Wednesday, August 24, 2011 3:46 PM<div><div></div><div class="h5"><br>
<b>To:</b> Discussion list for GROMACS users<br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-users] error:You might need to add atom H to the hydrogen database of residue<br>
</div></div></font><br>
</div><div><div></div><div class="h5">
<div></div>
<div>
<div style="font-size: 12pt; font-family: times new roman,new york,times,serif;">
<div style="font-size: 12pt; font-family: times new roman,new york,times,serif;">Not sure what is the problem. but if you have changed the name of the first/last residue as NXXX/CXXX, you may try to add these two names (NXXX and CXXX) to aminoacids.dat file
 (also change the number in the first line).<br>
<br>
Cheers,<br>
Jianguo<br>
<br>
<br>
<div style="font-size: 12pt; font-family: times new roman,new york,times,serif;"><font face="Tahoma" size="2">
<hr size="1">
<b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Kamesh Narasimhan &lt;<a href="mailto:g0701207@nus.edu.sg" target="_blank">g0701207@nus.edu.sg</a>&gt;<br>
<b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
<b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Wednesday, 24 August 2011 15:10:13<br>
<b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> RE: [gmx-users] error:You might need to add atom H to the hydrogen database of residue<br>
</font><br>

<div style="font-size: 13px; color: rgb(0, 0, 0); direction: ltr; font-family: Tahoma;">
<div>Thanks Jianguo,</div>
<div><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div>It doesn&#39;t seem to make a difference even if i use -ignh -- I still get the same error.</div>
<div dir="ltr"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"></font> </div>
<div style="direction: ltr;">
<hr>
<font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> <a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-bounces@gromacs.org</a> [<a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-bounces@gromacs.org</a>] On Behalf Of Jianguo Li [<a href="mailto:ljggmx@yahoo.com.sg" target="_blank">ljggmx@yahoo.com.sg</a>]<br>


<b>Sent:</b> Wednesday, August 24, 2011 3:06 PM<br>
<b>To:</b> Discussion list for GROMACS users<br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-users] error:You might need to add atom H to the hydrogen database of residue<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div style="font-size: 12pt; font-family: times new roman,new york,times,serif;">
<div>you may need to use -ignh option in pdb2gmx.<br>
Jianguo <br>
</div>
<div style="font-size: 12pt; font-family: times new roman,new york,times,serif;"><br>
<div style="font-size: 12pt; font-family: times new roman,new york,times,serif;"><font face="Tahoma" size="2">
<hr size="1">
<b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Kamesh Narasimhan &lt;<a href="mailto:g0701207@nus.edu.sg" target="_blank">g0701207@nus.edu.sg</a>&gt;<br>
<b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> &quot;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&quot; &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>


<b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Wednesday, 24 August 2011 14:42:28<br>
<b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> [gmx-users] error:You might need to add atom H to the hydrogen database of residue
<br>
</font><br>

<div style="font-size: 13px; color: rgb(0, 0, 0); direction: ltr; font-family: Tahoma;">
<div></div>
<div dir="ltr"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2">
<div dir="ltr"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2">Hi all,</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">I am using Gromacs 4.0.5 with the forcefield amber03 in a red hat linux machine to simulate a protein-DNA complex. Eventhough I manually edited my pdb file to adhere to the amber nomenclature, I get the below error.
</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">I have not been able to pinpoint where in the pdb file, ffamber03.rtp, and ffamber03.hdb the error could be -- if it&#39;s a nomenclature error. Would be great to receive some pointers on this.</font></div>


<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr">pdb2gmx -f prim_amb.pdb -o prim_amb.gro -water spc -ff amber03</div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">.</font></div>
<div dir="ltr">WARNING: atom H is missing in residue GLY 1 in the pdb file<br>
You might need to add atom H to the hydrogen database of residue GLY<br>
in the file ff???.hdb (see the manual)</div>
<p><font face="tahoma" size="2">---------------------------------</font></p>
<p><font face="tahoma" size="2">Program pdb2gmx, VERSION 4.0.5</font></p>
<p><font face="tahoma" size="2">Source code file: pdb2top.C, line: 704</font></p>
<p><font face="tahoma" size="2"></font> </p>
<p><font face="tahoma" size="2">Fatal error:</font></p>
<p><font face="tahoma" size="2">There were 1 missing atoms in molecule Protein_C, if you want to use this incomplete topology anyhow, use the option-missing.</font></p>
<div dir="ltr"> </div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">I  get the error message complaining about a missing hydrogen in the first residue, no matter what that residue is --- say for instance even if I delete the first GLY residue from my pdb file.</font></div>


<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">krish</font></div>
</font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>