<div>Dear Gromacs Users,</div>
<div> </div>
<div>I want to do some simulations of the protein (its N anc C terminals) which crystal structure does not exist. I submitted the sequence to <a href="http://www.proteinmodelportal.org/">www.proteinmodelportal.org</a> obtaining different structures based on different proteins from Protein Data Bank. For instance my N terminal has 180 aa. Obtained models covers %Seq id of 78% for 36 residues, 68% for 36 different residues, 62% of 36 another residues and many other models below 50%. The website provides you with the PDB files of your query so sounds perfect as you do not have to mutate every residue one by one. </div>

<div>The question is whether this is efficent and provide a good result to use such protein in my simualtions? Is this app. too big? </div>
<div>What are the other ways to overcome this problem (obtain structure of the protein which crystal structure does not exist?</div>
<div> </div>
<div>Thank you in advance,</div>
<div> </div>
<div>Steven</div>