<br><br><div class="gmail_quote">On 26 August 2011 12:06, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
Juliette N. wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im">
Hello everyone,<br>
<br>
I know the following question has been discussed many times in the archive but unfortunately I am still unclear about it therefore I would like to ask for your patience.<br>
<br></div>
I am interested in non bonded interactions, i.e LJ(SR) and it has been said that LJ-14 potentials are /inter/molecular non bonded interactions. <br>
</blockquote>
<br>
1-4 interactions are intramolecular, occurring between atoms separated by 3 bonds.  They are not intermolecular.</blockquote><div><br>Sorry, that was my mistake. I meant intra/ molecular nonbonded. Thats is why I was wondering if I have to add up to LJ SR or not. Now it is clear that the sum of [ LJ-14 + LJ (SR) ] give the actual non bonded potentials. Thank you so much.<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
This definition confuses me as I can&#39;t figure whether they have to be added up to LJ(SR) (which as I understood correctly contains bonded 1-5, 1-6,... interactions + all nonbonded interactions between atoms of different molecules within Rc), or they are treated bonded interactions and must not be added to LJ(SR). I would like to get a clear idea of the <br>

</blockquote>
<br></div>
The LJ-14 term is a nonbonded term.<br>
<br></blockquote><div><br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
nature of these types of interactions which I can&#39;t realize from the term &#39;/inter/molecular non bonded interactions&quot;.<div class="im"><br>
<br>
Please briefly shed some light on this.<br>
Thanks,<br>
J.<br>
<br>
</div></blockquote>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Thanks,<br>J. N.<br><br>