<br><br><div class="gmail_quote">On 26 August 2011 13:25, Dr. Vitaly V. Chaban <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:vvchaban@gmail.com">vvchaban@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im">&gt;&gt;. Now it is clear that<br>
&gt;&gt; the sum of [ LJ-14 + LJ (SR) ] give the actual non bonded potentials. Thank<br>
&gt;&gt; you so much.<br>
<br>
</div>The answer actually depends on what you call &quot;nonbonded potential&quot;. If<br>
you want to calculate e.g. the interaction energy between two<br>
molecules, then you should NOT include this term.<br></blockquote><div><br>Thank you for you reply. I am actually interested in interaction energies (cohesive energy between particles which is related to enthalpy of vaporization) and noticed that inclusion of this term results in far less accurate results. The net energy is of repulsion type and adding a positive term ( LJ-1-4) makes my results inaccurate.  I am already using nexcl = 3 in the topology which means 1-5, 1-6 neighbors are accounted for. But still LJ -1-4 is appearing. So far I have been ignoring this term (energy value) in my calculations, but my concern is that by just neglecting this energy term (value) I am not ignoring the actual effect of a potential term on the physics of the system. Is there any way to switch off this term?<br>
<br>Thanks,<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div><div></div><div class="h5"><br>
--<br>
Dr. Vitaly V. Chaban, 430 Hutchison Hall, Chem. Dept.<br>
Univ. Rochester, Rochester, New York 14627-0216<br>
THE UNITED STATES OF AMERICA<br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Thanks,<br>J. N.<br><br>