<div dir="ltr">Hello,<br><br>I am using gromacs 4.5.4 with amber99sb ff. I would like to modify the terminal residues from NALA and CALA to normal ALA (just as middle residues). As the terminal selection option is not enabled with the amber ff, I am using the termini modification parameters with aminoacids.c.tdb. here is my code for the aminoacids.c.tdb <br>

<br>[ COO- ]<br><br>[ replace ]<br>H    H    1.00800        0.27190<br>N    N    14.01000    -0.41570<br>CA    CT    12.01000    0.03370<br>HA    H1    1.00800        0.08230<br>C    C    12.01000    0.59730<br>CB    CT    12.01        -0.1825<br>

HB1    HC    1.008        0.0603<br>HB2    HC    1.008        0.0603<br>HB3    HC    1.008        0.0603<br> <br>[ add ]<br>1    1    O    C    CA    N<br>        O    16.00000    -0.56790<br>        <br>[ bonds ]<br>C    O     1    0.12290        476976.0<br>

<br>[ delete ]<br>OC1<br>OC2<br><br><br>when I run pdb2gmx using this termini modification, everything works fine except the deletion of OC1 and OC2 atoms, the error which I get for this run as follows,<br><br>Fatal error:<br>

Atom OC2 not found in residue <a href="http://seq.nr">seq.nr</a>. 8 while adding atom<br><br><br>any suggestion to delete the OC1 and OC2 atoms. If I dont enable this [ delete ] option with the aminoacids.c.tdb file, it works fine by adding the O atom to the terminal residue including the presence of OC1 and OC2 atoms. first I am trying to modify the c terminal residue. <br>

<br>Regards,<br>vijay. <br></div>