g_lie calculates the deltaG= alpha(&lt;Vl-s LJ&gt;p - &lt;Vl-s LJ&gt;w) + beta(&lt;Vl-s el&gt;p - &lt;Vl-s el&gt;w) equation. But when calculating DGbind from g_lie it will ask for only one term at a time i.e. -Elj for either &lt;Vl-s LJ&gt;p or &lt;Vl-s LJ&gt;w and -Cqq for either &lt;Vl-s el&gt;p  or &lt;Vl-s el&gt;w. My question is when using only &lt;Vl-s LJ&gt;p for -Elj and Vl-s el&gt;p for  -Cqq, how the LJ and EL terms calculated for ligand-water interaction or in vice-versa condition for ligand-protein interactions to complete the deltaG equation?<br clear="all">

<div><br></div>-- <br>Pawan<br>