Hi all,<div><br></div><div>I am trying to reverse-map some martini lipids to united atom.  In order to do this, I&#39;d prefer to have an EXACT definition of the aa-to-cg mapping.  I cannot find this, only an imprecise graphic, in the MARTINI paper; the martini.itp file doesn&#39;t appear to list which heavy atoms are represented by each CG bead either.  For example, I&#39;m looking for something like:</div>
<div><br></div><div><div>&#39;NC3&#39; : [&#39;C1&#39;, &#39;C2&#39;, &#39;C3&#39;, &#39;N4&#39;, &#39;C5&#39;, &#39;C6&#39;],</div><div>    &#39;PO4&#39; : [&#39;O7&#39;, &#39;P8&#39;, &#39;O9&#39;, &#39;O10&#39;, &#39;O11&#39;,&#39;C12&#39;],</div>
<div>    &#39;GL1&#39; : [&#39;C13&#39;, &#39;O14&#39;, &#39;C15&#39;, &#39;O16&#39;],</div><div>    &#39;GL2&#39; : [&#39;C32&#39;, &#39;O33&#39;, &#39;C34&#39;, &#39;O35&#39;],</div></div><div><br></div><div>etc.</div><div>
<br></div><div>For some atoms it&#39;s obvious which MARTINI groups they belong in, but others on the borderline are not obvious.  For example, does C12 belong in PO4 or GL1?</div><div><br></div><div>Anybody have a master list like this?</div>
<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Mike<br clear="all"><div><br></div>-- <br><font><font size="2">====================================<br>

Michael D. Daily<br>
Postdoctoral research associate<br>
Pacific Northwest National Lab (PNNL)<br>
<a href="tel:509-375-4581" value="+15093754581" target="_blank">509-375-4581</a><br>
(formerly Qiang Cui group, University of Wisconsin-Madison)</font></font><br>
</div>