<div>Dear Gromacs Users,</div>
<div> </div>
<div>I run md simulation of protein in water obtaining trajectory. Because in VMD my protein was jumping plus I had some part of my protein shaded in some frames I could not catch one place to create a movie I used:</div>

<div> </div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="PL" style="COLOR: #993300; mso-ansi-language: PL"><font size="3"><font face="Times New Roman">trjconv -f md.trr -s md.tpr -pbc nojump -o mdnojump.xtc</font></font></span></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="PL" style="COLOR: #993300; mso-ansi-language: PL"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="PL" style="COLOR: #993300; mso-ansi-language: PL"><font size="3"><font face="Times New Roman">trjconv -f mdnojump.xtc -s md.tpr -center -o mdfinal.xtc</font></font></span></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="PL" style="COLOR: #993300; mso-ansi-language: PL"><font size="3"><font face="Times New Roman"></font></font></span> </p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="PL" style="COLOR: #993300; mso-ansi-language: PL"><font size="3"><font face="Times New Roman" color="#000000">Now, I have still the same problem - it jumps on my screen but not as much as previously. Can you suggest what can I do to find one place in order to make a movie observing conformational changes?</font></font></span></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="PL" style="COLOR: #993300; mso-ansi-language: PL"><font face="Times New Roman" color="#000000" size="3"></font></span> </p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="PL" style="COLOR: #993300; mso-ansi-language: PL"><font face="Times New Roman" color="#000000" size="3">Steven</font></span></p></div>