
<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 31/08/2011 2:18 AM, xiaojing gong wrote:

    <blockquote

cite="mid:CAOm9RSVKp0Vm+BoKV7tJrAX=xKO53UNv8F+=AkFt2NrWdrbBtA@mail.gmail.com"

      type="cite">Dear all <br>

      &nbsp; I want to use Buckingham interactions. And I read the manual,

      but I still have some questions for asking:<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 ) I need to write the BN&nbsp; Buckingham interactions in the

      format of GMX. see the following:<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Buckingham&nbsp;&nbsp;&nbsp; a(ev)&nbsp; b(nm)&nbsp; C(ev nm^6)<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; B-B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &#65302;&#65298;&#65302;&#65296;&#12288;&#65296;&#65294;&#65297;&#12288;&#12288;&#65296;<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; B-N&#12288;&#12288;&#12288;&#12288;&#12288;&#12288;&#12288;&#65299;&#65299;&#12288;&#12288;&#12288;&#65296;&#65294;&#65303;&#12288;&#12288;&#65296;<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N-N&#12288;&#12288;&#12288;&#12288;&#12288;&#12288;&#12288;&#65300;&#65299;&#65296;&#65296;&#12288;&#65296;&#65294;&#65297;&#65298;&#12288;&#65296;<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; where shall I put the [defaults] lines, could I put

      these in mydefined.itp file?<br>

    </blockquote>

    <br>

    You can't put these in a molecule .itp file. These lines go in the

    forcefield.itp file that is #included at the beginning of normal

    .top files. There can only be one [defaults] in your whole .top,

    including the #included files.<br>

    &nbsp;<br>

    <blockquote

cite="mid:CAOm9RSVKp0Vm+BoKV7tJrAX=xKO53UNv8F+=AkFt2NrWdrbBtA@mail.gmail.com"

      type="cite">

      <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; [ defaults ]<br>

      &nbsp;; nbfunc&nbsp;&nbsp; comb-rule&nbsp;&nbsp; gen-pairs&nbsp; fudgeLJ&nbsp; fudgeQQ<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>

      &nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2) There are three parameters for Buckingham interactions,

      can I write as in the following way?<br>

      &nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; [ atomtypes ]<br>

      ;type&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp; a &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; b&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6<br>

      &nbsp;B &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30.07 &nbsp; &nbsp; 1.15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A &#12288;&#12288;&#12288;&#65311;&#65311;&#12288;&#12288;&#65311;&#65311;&#12288;&#12288;&#65311;&#65311;<br>

      &nbsp;N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.01&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.15&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; A&nbsp; &#12288;&#12288;&#12288;&#65311;&#65311;&#12288;&#12288;&#12288;&#65311;&#65311;&#12288;&#12288;&#65311;&#65311;<br>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

    Sure. What's the alternative?<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAOm9RSVKp0Vm+BoKV7tJrAX=xKO53UNv8F+=AkFt2NrWdrbBtA@mail.gmail.com"

      type="cite">&#12288;&#12288;&#12288;&#65299;&#65289; The given Buckingham interaction parameter of

      B-N may not obey any combine rules provided in GMX, what shall I

      do?<br>

    </blockquote>

    <br>

    You need to provide suitable [nonbond_params] lines. See manual

    section 5.3.2<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAOm9RSVKp0Vm+BoKV7tJrAX=xKO53UNv8F+=AkFt2NrWdrbBtA@mail.gmail.com"

      type="cite">

      <br>

      I will be appreciate it if you can give me some suggestions!<br>

      <font color="#888888"><br>

        XJ</font>

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>