Hi Dear,<br><br>I am doing simulation with three ligand so that I have applied deprecated force field to the system.<br><br>I went through the reference which you cited to the following error. I understood the error that It could be a clashes. It wanted to  remove atom clashes from my coordinate file, so Is there any option to do the same. help me.........<br>
<br clear="all">Program grompp, VERSION 4.0.7<br>Source code file: ../../../../src/kernel/toppush.c, line: 947<br><br>Fatal error:<br>Atomtype NR not found<br><br>-- <br><font size="2"><b></b></font><br>Ithayaraja M,<br>Research Scholar,<br>
Department of Bionformatics,<br>Bharathiar University,<br>Coimbatore 641 046,<br>Tamil Nadu<br>India<br>