I believe your problem is that you do not understand scientific notation. 5.700000e+01 = 57. Cl- has a charge of -1. Need I say more. <br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 1, 2011 at 11:46 AM, Munishika Kalia <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:munishikakalia@yahoo.com">munishikakalia@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;">
<div>Hi,</div><div><br></div><div>The genion command i used is</div><div>genion -s genion.tpr -o ago_water_ions.gro -nn 6</div><div><br></div><div>I used this to add 6 CL ions and i got the following error:</div><div>  System has non-zero total charge: 5.700000e+01<br>
</div><div><br></div><div>So i should add another 5 CL ions to neutralize the system?</div><div><br></div><div><br></div><div>Many thanks,</div><div>Munishika</div></div></div><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>