<br><br><div class="gmail_quote"><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>Surprisingly I could get complete coordinates from g_covar v4.5.4 without fitting, without being prompted to choose a group for the least squares fit. However, g_covar is much slower than g_rmsf and I would avoid using it for the whole trajectory if I could.<br>



        
        
        
        

</blockquote></div><p style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT">I don&#39;t expect o get an answer in my original question, but at least I realized that g_covar firstly calculates the average coordinates and saves them in a .pdb file and then proceeds to covariance matrix calculations. So if I can kill the program at that point and do my job faster than with g_rmsf ;)<br>
</p><p style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT"><br></p><br><p style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT"><br>
</p>
<br>