Dear Gromacs users:<br><br>I am trying to extract the constraint energy imposed by position restraint. I extract the coordinate of the restraint atom and want to calculated directly by using the harmonic potential. The question is : Does the reference position come from the .gro file as the input in mdrun? It seems to me that that&#39;s the only possible source as I didn&#39;t specify it anywhere. <br>
<br>Thanks,<br>-- <br>Kun Huang<br>Department of Physics, Rensselaer Polytechnic Institute. <br>Troy, NY. 12180. <br><br>