<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV><FONT size=5>Dear GMX user,</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=5>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am using GMX4.5.4 (double precision) to simulate electrolyte confined in a CNT with polarizable model. The CNT diameter is 3.0 nm and length is 6.0 nm. The box is 5.0*5.0 *6.0, out of CNT is nothing, that is to say, the system is inhomogeneous，please see it by clicking this link <A href="http://photo.163.com/hzj1000/list/#aid=228653982&amp;m=0&amp;page=1">http://photo.163.com/hzj1000/list/#aid=228653982&amp;m=0&amp;page=1</A></FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=5>As for inhomogeneous systems,we should set the spatial decomposition with option<BR>-dd.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=5>I use </FONT><STRONG>mdrun_d -deffnm nvt -v -nt 8 ,there will be errors.</STRONG></DIV>
<DIV>starting mdrun 'cnt in water'<BR>250000 steps,&nbsp;&nbsp;&nbsp; 500.0 ps.<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 0 EPot: 1.12436639e+06, rmsF: 3.00e+03<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 1 EPot: 1.10979204e+06, rmsF: 5.29e+02<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 2 EPot: 1.10935838e+06, rmsF: 1.22e+02<BR>Warning: 1-4 interaction between 97 and 101 at distance 4.724 which is larger than the 1-4 table size 2.000 nm<BR>These are ignored for the rest of the simulation<BR>This usually means your system is exploding,<BR>if not, you should increase table-extension in your mdp file<BR>or with user tables increase the table size<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 3 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.48e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 4 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 6.88e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 5 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF:
 7.03e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 6 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.13e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 7 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.02e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 8 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.91e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 9 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.90e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/10 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.91e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/11 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.94e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/12 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.97e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/13 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 6.00e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/14
 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.58e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/15 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.59e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/16 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.60e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/17 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.61e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/18 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.61e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/19 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.62e+07<BR>step 0: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 121.680</DIV>
<DIV>step 0MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 0 EPot: 1.10511682e+06, rmsF: 1.57e+02<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 1 EPot: 1.10517815e+06, rmsF: 3.49e+01<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 2 EPot: 1.10515438e+06, rmsF: 8.57e+00<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 3 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.65e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 4 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.29e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 5 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.29e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 6 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.29e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 7 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.29e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 8 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.29e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 9
 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.29e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/10 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.29e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/11 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.31e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/12 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.31e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/13 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.31e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/14 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.31e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/15 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.31e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/16 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.31e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/17
 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.31e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/18 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.31e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/19 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 5.31e+07<BR>step 1: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 8.566</DIV>
<DIV><BR>Received the INT signal, stopping at the next NS step</DIV>
<DIV>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/ 0 EPot: 1.10553389e+06, rmsF: 1.03e+02<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/ 1 EPot: 1.10551468e+06, rmsF: 1.95e+01<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/ 2 EPot: 1.10551473e+06, rmsF: 4.56e+00<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/ 3 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.55e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/ 4 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.11e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/ 5 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.10e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/ 6 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.09e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/ 7 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.08e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/ 8 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.08e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/ 9
 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.07e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/10 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.07e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/11 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.06e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/12 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.06e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/13 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.06e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/14 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.06e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/15 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.06e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/16 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.06e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/17
 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.06e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/18 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.06e+07<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2/19 EPot:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan, rmsF: 7.06e+07<BR>step 2: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 4.560</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=6>However, I use mdrun_d -deffnm nvt -v -nt 2, it is OK!</FONT></DIV>
<DIV>Getting Loaded...<BR>Reading file nvt.tpr, VERSION 4.5.4 (double precision)<BR>Starting 2 threads<BR>Loaded with Money</DIV>
<DIV>Making 1D domain decomposition 2 x 1 x 1</DIV>
<DIV>Back Off! I just backed up nvt.trr to ./#nvt.trr.2#</DIV>
<DIV>Back Off! I just backed up nvt.edr to ./#nvt.edr.2#<BR>starting mdrun 'cnt in water'<BR>250000 steps,&nbsp;&nbsp;&nbsp; 500.0 ps.<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 0 EPot: 1.12436639e+06, rmsF: 3.00e+03<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 1 EPot: 1.10979204e+06, rmsF: 5.29e+02<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 2 EPot: 1.10935838e+06, rmsF: 1.22e+02<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 3 EPot: 1.10933788e+06, rmsF: 3.43e+01<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 4 EPot: 1.10933636e+06, rmsF: 9.99e+00<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 5 EPot: 1.10933623e+06, rmsF: 2.91e+00<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 6 EPot: 1.10933622e+06, rmsF: 8.43e-01<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 7 EPot: 1.10933622e+06, rmsF: 2.53e-01<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 8 EPot: 1.10933622e+06, rmsF: 7.66e-02<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 9 EPot: 1.10933622e+06, rmsF: 2.30e-02<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/10 EPot: 1.10933622e+06, rmsF: 7.07e-03<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/11 EPot:
 1.10933622e+06, rmsF: 2.16e-03<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/12 EPot: 1.10933622e+06, rmsF: 6.59e-04<BR></DIV>
<DIV><FONT size=6>And I set domain decompostion by myself instead of by defort.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=6>&nbsp;mdrun_d -deffnm nvt -v -nt 8 -dd 1 1 8</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=6></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=6>It is OK！</FONT></DIV>
<DIV>Getting Loaded...<BR>Reading file nvt.tpr, VERSION 4.5.4 (double precision)<BR>Starting 8 threads<BR>Loaded with Money</DIV>
<DIV>Making 1D domain decomposition 1 x 1 x 8</DIV>
<DIV>Back Off! I just backed up nvt.trr to ./#nvt.trr.3#</DIV>
<DIV>Back Off! I just backed up nvt.edr to ./#nvt.edr.3#<BR>starting mdrun 'cnt in water'<BR>250000 steps,&nbsp;&nbsp;&nbsp; 500.0 ps.<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 0 EPot: 1.12436639e+06, rmsF: 3.00e+03<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 1 EPot: 1.10979204e+06, rmsF: 5.29e+02<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 2 EPot: 1.10935838e+06, rmsF: 1.22e+02<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 3 EPot: 1.10933788e+06, rmsF: 3.43e+01<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 4 EPot: 1.10933636e+06, rmsF: 9.99e+00<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 5 EPot: 1.10933623e+06, rmsF: 2.91e+00<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 6 EPot: 1.10933622e+06, rmsF: 8.43e-01<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 7 EPot: 1.10933622e+06, rmsF: 2.53e-01<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 8 EPot: 1.10933622e+06, rmsF: 7.66e-02<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/ 9 EPot: 1.10933622e+06, rmsF: 2.30e-02<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/10 EPot: 1.10933622e+06, rmsF: 7.07e-03<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/11 EPot:
 1.10933622e+06, rmsF: 2.16e-03<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0/12 EPot: 1.10933622e+06, rmsF: 6.59e-04</DIV>
<DIV>step 0MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 0 EPot: 1.10517946e+06, rmsF: 1.04e+02<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 1 EPot: 1.10515795e+06, rmsF: 1.94e+01<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 2 EPot: 1.10515825e+06, rmsF: 4.48e+00<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 3 EPot: 1.10515825e+06, rmsF: 1.10e+00<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 4 EPot: 1.10515824e+06, rmsF: 2.83e-01<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 5 EPot: 1.10515824e+06, rmsF: 7.69e-02<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 6 EPot: 1.10515824e+06, rmsF: 2.23e-02<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 7 EPot: 1.10515824e+06, rmsF: 6.54e-03<BR>MDStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1/ 8 EPot: 1.10515824e+06, rmsF: 1.98e-03</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=6>I am not so sure what I do is proper, anybody have experence in seting domain decomposition for inhomogeneous systems? Could you give me some advices!</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=6>Thanks in advance !</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=6>Zhongjin He</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></td></tr></table>