<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 5, 2011 at 9:29 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">


  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><div><div></div><div class="h5">
    On 6/09/2011 1:22 AM, J. Nathan Scott wrote:
    <blockquote type="cite"><br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Sun, Sep 4, 2011 at 11:51 AM, Mark
        Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
          <div>
            <div>On 5/09/2011 3:30 AM, J. Nathan Scott wrote:<br>
              <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
                Hello fellow GROMACS users,<br>
                <br>
                I am in the process of constructing a new residue in the
                OPLS-AA force field for the mCherry chromophore.
                However, I am having some difficulty in adding three CH3
                hydrogens. In the 2H5Q PDB structure the chromophore
                residue, CH6, has CE1 and CE2 ring carbons defined, but
                also an extended chain carbon named CE. The problem is
                that my hdb rules were assigning HE1 and HE2 to the ring
                carbon hydrogens (1       1       HE1     CE1     CD1  
                  CZ for example), and HE1, HE2, and HE3 to the CE
                carbon hydrogens (3       4       HE     CE     SD    
                 CG1). Since these hydrogens are of different types, I
                need to have them named distinctly in my RTP file and
                need for Gromacs to understand them as different types.
                I changed the CH6 residue&#39;s CE atom to CE3 in the PDB
                file and the relevant RTP entries accordingly (see
                below). I also changed the hdb entry for the new CE3
                atom (also below).<br>
                <br>
                Relevant RTP lines:<br>
                  CE3    opls_209      0.0     10<br>
                 HE31    opls_140      0.0     11<br>
                 HE32    opls_140      0.0     12<br>
                 HE33    opls_140      0.0     13<br>
                  CE1    opls_145      0.0     32<br>
                  HE1    opls_146      0.0     33<br>
                  CE2    opls_145      0.0     34<br>
                  HE2    opls_146      0.0     35<br>
                 [bonds]<br>
                  CE3  HE31<br>
                  CE3  HE32<br>
                  CE3  HE33<br>
                  CE1   HE1<br>
                  CE2   HE2<br>
                <br>
                Relevant HDB lines:<br>
                3       4       HE3     CE3     SD      CG1<br>
                1       1       HE1     CE1     CD1     CZ<br>
                1       1       HE2     CE2     CD2     CZ<br>
                <br>
                I thought this would cover everything, but I am
                receiving the following sort of error from pdb2gmx for
                each of the the three CE3 hydrogens(pdb2gmx -f 2H5Q.pdb
                -o 2H5Q_processed.gro -water tip3):<br>
                <br>
                &quot;WARNING: atom HE31 is missing in residue CH6 66 in the
                pdb file<br>
                        You might need to add atom HE31 to the hydrogen
                database of building block CH6<br>
                        in the file aminoacids.hdb (see the manual)&quot;<br>
                <br>
                I&#39;ve looked at other examples in the aminoacids.hdb file
                and cannot figure out what I am missing here, it seems
                like my hdb rule should be adding 3 type 4 hydrogens
                named HE31, HE32, and HE33. I am assuming that the other
                hdb rules are OK, since they seemed to work fine before,
                as indicated by examining the gro file. I would
                sincerely appreciate any help you can offer. Thank you!<br>
              </blockquote>
              <br>
            </div>
          </div>
          I can&#39;t see a reason why that wouldn&#39;t work. However, there&#39;s
          no need for you to preserve the PDB atom name for CE. Reducing
          the potential for some atom-naming screw-up such as this is a
          good reason to change it (in both your coordinate file and
          .rtp entry). It will probably just work, or at the very least
          simplify further trouble-shooting.<br>
          <br>
          Mark<br>
        </blockquote>
        <div><br>
          Hello Mark, thank you for your help, but I took your very
          reasonable advice and am still receiving the exact same sort
          of error. I changed the PDB file atom name to CQ, which of
          course makes it unique within that residue (and indeed in the
          whole PDB file). I updated my .rtp entries and the .hdb rules
          accordingly, and yet I still receive the exact same sort of
          error. It seems as if something is wrong with my hdb syntax,
          but having looked at numerous other examples in the hdb file
          and online I am at a loss as to what the problem might be. For
          what it&#39;s worth, if I use the -missing switch when I run
          pdb2gmx, the other CH6 hydrogen atoms appear to be added
          correctly in the resulting gro file, with the names exactly as
          I expected from the hdb naming rules.<br>
          <br>
          <br>
          My input:<br>
          pdb2gmx -f 2H5Q_spdbv.pdb -o 2H5Q_processed.gro -water tip3<br>
          <br>
          Error received:<br>
          &quot;WARNING: atom HQ1 is missing in residue CH6 66 in the pdb
          file<br>
                   You might need to add atom HQ1 to the hydrogen
          database of building block CH6<br>
                   in the file aminoacids.hdb (see the manual)&quot;<br>
          <br>
          &quot;WARNING: atom HQ2 is missing in residue CH6 66 in the pdb
          file<br>
                   You might need to add atom HQ1 to the hydrogen
          database of building block CH6<br>
                   in the file aminoacids.hdb (see the manual)&quot;<br>
          <br>
          &quot;WARNING: atom HQ3 is missing in residue CH6 66 in the pdb
          file<br>
                   You might need to add atom HQ1 to the hydrogen
          database of building block CH6<br>
                   in the file aminoacids.hdb (see the manual)&quot;<br>
          <br>
          <br>
          <br>
          PDB file:<br>
          ATOM    493  CQ  CH6 A  66      42.848  20.230   6.798  1.00
          40.19<br>
          <br>
          hdb file:<br>
          CH6     9<br>
          2       6       HG1     CG1     SD      CB1<br>
          2       6       HB1     CB1     CG1     CA1<br>
          2       6       HA3     CA3     C3      N3<br>
          1       1       HB2     CB2     CA2     CG2<br>
          1       1       HD1     CD1     CE1     CG2<br>
          1       1       HD2     CD2     CE2     CG2<br>
          1       1       HE1     CE1     CD1     CZ<br>
          1       1       HE2     CE2     CD2     CZ<br>
          3       4       HQ      CQ      SD      CG1<br>
          <br>
          rtp file (relevant portions only):<br>
              CQ    opls_209      0.0     10<br>
             HQ1    opls_140      0.0     11<br>
             HQ2    opls_140      0.0     12<br>
             HQ3    opls_140      0.0     13<br>
          [bonds]<br>
              SD     CQ<br>
              CQ   HQ1<br>
              CQ   HQ2<br>
              CQ   HQ3<br>
          <br>
          I forgot to mention before, my GMX version is 4.5.4, running
          on a RHEL6 workstation. Thank you sincerely for any
          troubleshooting assistance you can provide. I am quite stumped
          by this problem!<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br></div></div>
    Weird. Does naming the residue something other than CH6 help?
    Specifically, something all letters. Has that residue been added as
    Protein to the residuetypes.dat? General advice here: <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field</a><br>

<font color="#888888">
    <br>
    Mark<br>
  </font></div></blockquote><div><br>Aha! That did the trick! I changed the residue name to CHB in the input PDB file, the hdb file, the rtp file, and residuetypes.dat (I did have CH6 defined there as protein, by the way), and now pdb2gmx is adding those three hydrogens with no problem whatsoever. Thank you again very much, it never occurred to me that the residue name could be an issue.<br>

<br>I think I&#39;ll file a bug report on this. If nothing else this behavior is certainly unexpected, since pdb2gmx never mentions any possible issues with a number in the residue name.<br><br>Thank you again very much for your help with this!<br>

<br>-Nathan<br> </div></div><br clear="all"><br>-- <br>----------<br>J. Nathan Scott, Ph.D.<br>Postdoctoral Fellow<br>Department of Chemistry and Biochemistry<br>Montana State University<br>