<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META content="text/html; charset=iso-2022-jp" http-equiv=Content-Type>
<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.6001.19120"></HEAD>
<BODY>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=812530212-05092011>Dear 
gmx-users,</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=812530212-05092011>I'm trying to create 
the topology for a ligand using Amber99SB force field, but I'm experimenting 
several problems. Here what I did:</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=812530212-05092011>&nbsp;- I recovered 
the .mol2 file of my ligand (comp1.mol2)</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=812530212-05092011>- I checked and 
added H with Amber tool reduce: re</SPAN></FONT><FONT size=2 face=Arial><SPAN 
class=812530212-05092011><SPAN lang=IT>duce comp1.mol2 &gt; 
comp1-H.mol2</SPAN></SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=812530212-05092011><SPAN lang=IT>- I 
added charges using antechamber: antechamber -i comp1-H.mol2 -fi mol2 -o 
comp1-H_C.mol2 -fo mol2 -c bcc -s2</SPAN></SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=812530212-05092011><SPAN lang=IT>- I 
created the&nbsp;frcmod parameter file: parmcheck -i comp1-H_C.mol2 -f mol2 -o 
comp1-H_C.frcmod&nbsp;</SPAN></SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=812530212-05092011><SPAN lang=IT>- then 
I used: xleap -s -f 
/opt/amber11/dat/leap/cmd/leaprc.ff99SB</SPAN></SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=812530212-05092011><SPAN 
lang=IT>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
source leaprc.gaff</SPAN></SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=812530212-05092011><SPAN 
lang=IT>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
lig = loadmol2 comp1-H_C.mol2</SPAN></SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=812530212-05092011><SPAN 
lang=IT>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
check lig</SPAN></SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=812530212-05092011><SPAN 
lang=IT>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
loadamberparams comp1-H_C.frcmod</SPAN></SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=812530212-05092011><SPAN 
lang=IT>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
saveamberparm lig comp1.prmtop comp1.inpcrd</SPAN></SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=812530212-05092011><SPAN lang=IT>- I 
created the .top file with amb2gmx.pl: amb2gmx.pl --prmtop comp1.prmtop --crd 
comp1.inpcrd --outname&nbsp;comp1</SPAN></SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=812530212-05092011><SPAN 
lang=IT>then</SPAN></SPAN></FONT></DIV>
<DIV><SPAN class=812530212-05092011><SPAN lang=IT><FONT size=2 face=Arial>mv 
comp1.top comp1.itp</FONT></DIV>
<DIV>
<P><SPAN class=812530212-05092011><FONT size=2 face=Arial>My comp1.itp file is 
as following:</FONT></SPAN><SPAN class=812530212-05092011></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; comp1.top created by rdparm2gmx.pl Mon Sep 5 
12:45:09 CEST 2011</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>[ defaults ]</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ 
fudgeQQ</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>1 2 yes 0.5 0.8333</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>[ atomtypes ]</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>;name bond_type mass charge ptype sigma 
epsilon</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>c3 c3 0.0000 0.0000 A 3.39967e-01 
4.57730e-01</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>n n 0.0000 0.0000 A 3.25000e-01 
7.11280e-01</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>ha ha 0.0000 0.0000 A 2.59964e-01 
6.27600e-02</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>ca ca 0.0000 0.0000 A 3.39967e-01 
3.59824e-01</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>hn hn 0.0000 0.0000 A 1.06908e-01 
6.56888e-02</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>hc hc 0.0000 0.0000 A 2.64953e-01 
6.56888e-02</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>c c 0.0000 0.0000 A 3.39967e-01 
3.59824e-01</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>o o 0.0000 0.0000 A 2.95992e-01 
8.78640e-01</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>[ moleculetype ]</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; Name nrexcl</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>solute 3</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>[ atoms ]</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB 
chargeB</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>1 o 1 UNK O1 1 -0.58510 16.000000</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>2 o 1 UNK O2 2 -0.47810 16.000000</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>3 o 1 UNK O3 3 -0.47710 16.000000</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>4 n 1 UNK N1 4 -0.47010 14.000000</FONT></P>
<P><FONT size=2 
face=Arial>...............................................................................</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>[ bonds ]</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; ai aj funct r k</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>4 33 1 1.0090e-01 3.4326e+05</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>7 26 1 1.0920e-01 2.8225e+05</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>7 25 1 1.0920e-01 2.8225e+05</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>7 24 1 1.0920e-01 2.8225e+05</FONT></P>
<P><FONT size=2 
face=Arial>...............................................................................</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>[ pairs ]</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; ai aj funct</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>1 33 1</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>4 36 1</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>4 34 1</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>5 33 1</FONT></P>
<P><FONT size=2 
face=Arial>...............................................................................</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>[ angles ]</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; ai aj ak funct theta cth</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>5 9 32 1 1.1005e+02 3.8802e+02</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>5 9 31 1 1.1005e+02 3.8802e+02</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>5 9 30 1 1.1005e+02 3.8802e+02</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>5 8 29 1 1.1005e+02 3.8802e+02</FONT></P>
<P><FONT size=2 
face=Arial>................................................................................</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>[ dihedrals ]</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>;i j k l func C0 ... C5</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>1 6 4 33 3 29.28800 -8.36800 -20.92000 0.00000 
0.00000 0.00000 ;</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>4 12 17 36 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 
0.00000 0.00000 ;</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>4 12 14 34 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 
0.00000 0.00000 ;</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>5 6 4 33 3 20.92000 0.00000 -20.92000 0.00000 0.00000 
0.00000 ;</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>6 5 9 32 3 0.65270 1.95811 0.00000 -2.61082 0.00000 
0.00000 ;</FONT></P>
<P><FONT size=2 
face=Arial>..............................................................................</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>[ system ]</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>40 system</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>[ molecules ]</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; Compound nmols</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>solute 1</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</P>
<P><SPAN class=812530212-05092011><FONT size=2 face=Arial>I pasted the 
coordinates of comp1.pdb into those of protein.pdb, II removed <FONT size=2 
face=Arial>directives [ system ] and [ molecules ]&nbsp;and 
I</FONT></FONT></SPAN><SPAN class=812530212-05092011><FONT size=2 
face=Arial>&nbsp;included "comp1.itp" in the "topol.top" file obtained with 
pdb2gmx (Gromacs 4.5.4) using ff Amber99SB, on the protein 
alone:</FONT></SPAN></SPAN></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>topol.top:</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; Include forcefield parameters</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>#include "amber99sb.ff/forcefield.itp"</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>#include "comp1.itp"</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; Include chain topologies</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>#include "topol_Protein_chain_C.itp"</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>#include "topol_Other.itp"</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; Include water topology</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>#include "amber99sb.ff/tip3p.itp"</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>#ifdef POSRES_WATER</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; Position restraint for each water oxygen</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>[ position_restraints ]</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; i funct fcx fcy fcz</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>1 1 1000 1000 1000</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>#endif</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; Include topology for ions</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>#include "amber99sb.ff/ions.itp"</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>[ system ]</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; Name</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>Protein in water</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>[ molecules ]</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>; Compound #mols</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>Protein_chain_C 1</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>Other 1</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>UNK 1</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial> </FONT></P>
<P><SPAN class=812530212-05092011><FONT size=2 face=Arial>Then, I launched 
editconf-genbox-grompp to neutralize system:</FONT></SPAN></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>/opt/gromacs45/bin/grompp -f em.mdp -c&nbsp;<SPAN 
class=812530212-05092011>prot-lig</SPAN>_solv.gro -o&nbsp;<SPAN 
class=812530212-05092011>prot-lig_</SPAN>solv.tpr -p</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=812530212-05092011>The result 
was:</SPAN></FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>Fatal error:</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>Syntax error - File comp1.itp, line 3</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>Last line read:</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>'[ defaults ]'</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>Invalid order for directive defaults</FONT></P><FONT 
face=Arial><FONT size=2><SPAN class=812530212-05092011>
<P><SPAN class=812530212-05092011><FONT size=2 
face=Arial></FONT></SPAN>&nbsp;</P>
<P><SPAN class=812530212-05092011><FONT size=2 face=Arial>I had a check on the 
manual and it seems to me that all directives are in the correct order! However, 
</FONT></SPAN>I removed </SPAN>directive [ defaults ]<SPAN 
class=812530212-05092011> and re-launched grompp:</SPAN></FONT></FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>/opt/gromacs45/bin/grompp -f em.mdp -c&nbsp;<SPAN 
class=812530212-05092011>prot-lig</SPAN>_solv.gro -o&nbsp;<SPAN 
class=812530212-05092011>prot-lig</SPAN>_solv.tpr -p</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial><SPAN 
class=812530212-05092011>Result:</SPAN></FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>Fatal error:</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>Syntax error - File comp1.itp, line 7</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>Last line read:</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>'[ atomtypes ]'</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>Invalid order for directive atomtypes</FONT></P>
<P><FONT face=Arial><FONT size=2><SPAN 
class=812530212-05092011></SPAN></FONT></FONT>&nbsp;</P>
<P><FONT face=Arial><FONT size=2><SPAN class=812530212-05092011>I removed 
d</SPAN>irective [ atomtypes ]&nbsp;<SPAN class=812530212-05092011>and 
re-launched grompp:</SPAN></FONT></FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>/opt/gromacs45/bin/grompp -f em.mdp -c&nbsp;<SPAN 
class=812530212-05092011>prot-lig</SPAN>_solv.gro -o&nbsp;<SPAN 
class=812530212-05092011>prot-lig</SPAN>_solv.tpr -p</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial><SPAN 
class=812530212-05092011>Result:</SPAN></FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>Fatal error:</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial>Atomtype n not found</FONT></P>
<P><FONT size=2 face=Arial> </FONT></P>
<P><FONT face=Arial><FONT size=2><SPAN class=812530212-05092011>What's wrong? 
Why Gromacs claims that directives are not in correct order? Could you please 
help me?</SPAN></FONT></FONT></P>
<P><FONT face=Arial><FONT size=2><SPAN class=812530212-05092011>Many 
thanks</SPAN></FONT></FONT></P>
<P><FONT face=Arial><FONT size=2><SPAN 
class=812530212-05092011>Anna</SPAN></FONT></FONT></P></SPAN></SPAN></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left>
<DIV dir=ltr align=left><FONT size=2 
face=Arial>__________________________________________________________________</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Anna Marabotti, Ph.D.</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Laboratory of Bioinformatics and 
Computational Biology</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Institute of Food Science - 
CNR</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Via Roma, 64</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>83100 Avellino</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Phone: +39 0825 299651</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Fax: +39 0825 781585</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>E-mail: <A 
title=mailto:amarabotti@isa.cnr.it 
href="mailto:amarabotti@isa.cnr.it">amarabotti@isa.cnr.it</A></FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Skype account: annam1972</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Web site: <A 
title=http://bioinformatica.isa.cnr.it/anna/anna.htm 
href="http://bioinformatica.isa.cnr.it/anna/anna.htm">http://bioinformatica.isa.cnr.it/anna/anna.htm</A></FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>"When a man with a gun meets a man with 
a pen, the man with the gun is a dead man"</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>(Roberto Benigni, about Roberto 
Saviano)</FONT></DIV></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>