<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Hi All,</div><div><br></div><div>when I grompp for energy minimization, I met the error like,</div><div><br></div><div>--------------------------------------------------------------<br></div><div>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1#<br>checking input for internal consistency...<br>processing topology...<br>Opening library file /share/apps/gromacs407/share/gromacs/top/ffamber03.itp<br>Opening library file /share/apps/gromacs407/share/gromacs/top/ffnonbonded.itp<br><br>WARNING 1 [file ffnonbonded.itp, line 38]:<br>&nbsp; Overriding atomtype NA<br><br>Opening library file /share/apps/gromacs407/share/gromacs/top/ffbonded.itp<br>Opening library file /share/apps/gromacs407/share/gromacs/top/gbsa.itp<br><br>ERROR 1 [file gbsa.itp, line 1]:<br>&nbsp; Invalid directive
 implicit_genborn_params<br><br><br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 4.0.7<br>Source code file: toppush.c, line: 756<br><br>Fatal error:<br>Unknown bond_atomtype 0.172<br>-------------------------------------------------------</div><div><br></div><div>Since in the version 4.0.7 there is no gbsa.itp, I simply copied the file with the same name from gmx 4.5-4 and introduced ffamber03 force field into 4.0.7.</div><div>I understand updating to 4.5.X will solve this problem, but for testing my QMMM semi-empirical implementation, I have to use gmx version 4.0.7, at least for now.</div><div>So I am wondering if there is any way I can solve it in 4.0.7.<br></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Yao<br></div>
<div><br></div>
<div></div></div></body></html>