Hi, <br><br>Thank everyone for your suggestions. <br><br>I have tried to put less molecule in a small box and find this works! Eventually I have solve the problem by using a larger initial box size for the random generated position and orientation. It seemed that the overall interaction of OPLS-AA between ethanes is attractive rather than repulsive, which leads to atomic clashes...<br>

<br>The original box size was calculated from experimental density but apparently this does not work for the OPLS-AA. I had used larger initial box size previously (20% larger than experimental calculated box size) but it did not work out and then I gave up on this direction. Now, I have tried to enlarge the box size by 40% and everything works!<br>

<br>Finally I should offer my gratitude to all of you. Thank you!<br><br>Best,<br>Phil<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 6, 2011 at 10:59 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><div>
    On 7/09/2011 12:40 AM, Phil (Yang) Song wrote:
    <blockquote type="cite">
      <div class="gmail_quote">
        <div>
          <div>
            <div class="gmail_quote">Hi, all<br>
              <div class="gmail_quote"><br>
                I am learning GROMACS 4.5.1 recently and encountered a
                problem that puzzled me for weeks. I am wondering if
                someone can help me with this.<br>
                <br>
                Here is the problem: I was trying to perform a MD
                simulation for 216 ethane molecules in a box. I have
                first generated a box of ethane with random position and
                orientation.</div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br></div>
    That&#39;s almost certainly inappropriate. Atomic clashes are
    inevitable, and EM will not fix severe problems.<br>
    <br>
    Get a single molecule in a small box, and use genconf to replicate
    it. Then use EM and equilibrate thoroughly to remove the residual
    ordering. Judicious use of NPT will fix your density to whatever you
    want.<br><font color="#888888">
    <br>
    Mark</font><div><div></div><div><br>
    <br>
    <blockquote type="cite">
      <div class="gmail_quote">
        <div>
          <div>
            <div class="gmail_quote">
              <div class="gmail_quote"> Then, I wanted to run a
                minimization for the box of ethane to get rid of close
                contact of the randomly ethane molecules. However, I
                have found that some of the <span>ethane</span>
                molecules laid on top of each other after minimization
                and infinity forces were resulted. <br>
                <br>
                Since my mdp file was successfully used to generate
                other type of molecules such as acetylene and ethylene
                and they should be correct. Also, I have tried to use
                conjugate gradient instead of steepest decent for the
                minimization, but this effort came out to be in vain. <br>
                <br>
                Later, I thought the topology file should be the source
                of error. I have carefully checked the topology file for
                couple of times but did not find any obvious error. I
                have also tried to change the charges on each atom in
                the ethane to 0 and then run the minimization. Again,
                the ethane was attracted into each other. Hence, I think
                the vdw could be the problem. However, the parameters of
                the vdw interaction are all from the opls-aa files that
                come with gromacs and it should be fine.<br>
                <br>
                Eventually, I am puzzled... <br>
                <br>
                I am iterating the content of the content of mdp input
                file and itp file in the email and also attaching the
                input and output of my result as a tarball. Hope someone
                can help me to solve this problem.<br>
                <br>
                Thank you in advance!<br>
                <br>
                Best,<br>
                Phil Song<br>
                <font color="#888888"><br>
================================================================================<br>
                  MDP file<br>
                  <br>
                  ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<br>
                  ; preprocessing options<br>
                  <br>
                  ; title of the simulation<br>
                  title        =<br>
                  <br>
                  ; include path<br>
                  include      =<br>
                  <br>
                  ; cpp flag<br>
                  define       =<br>
                  <br>
                  ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<br>
                  ; energy minimization<br>
                  integrator    = steep<br>
                  <br>
                  ; Start time and timestep in ps<br>
                  tinit         = 0<br>
                  dt            = 0.001<br>
                  nsteps        = 500<br>
                  <br>
                  ; run continuation or reperforming<br>
                  init_step     = 0<br>
                  <br>
                  emtol         = 1000.0<br>
                  emstep        = 0.01<br>
                  <br>
                  ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<br>
                  ; periodic boundary conditions<br>
                  pbc           = xyz<br>
                  <br>
                  periodic_molecules = no<br>
                  <br>
                  ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<br>
                  ; electrostatics and vdw options<br>
                  ; electrostatics method<br>
                  coulombtype    = PME<br>
                  rcoulomb       = 1.3<br>
                  <br>
                  ; fourier setup for PME<br>
                  fourierspacing = 0.12<br>
                  fourier_nx     = 0<br>
                  fourier_ny     = 0<br>
                  fourier_nz     = 0<br>
                  pme_order      = 4<br>
                  ewald_rtol     = 1e-5<br>
                  optimize_fft   = yes<br>
                  <br>
                  ewald_geometry = 3d<br>
                  <br>
                  ; vdw cutoff<br>
                  rvdw-switch    = 0<br>
                  rvdw           = 1.31<br>
                  <br>
                  ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<br>
                  ; neighbor list options<br>
                  ; neighbor list frequency<br>
                  nstlist       = 10<br>
                  <br>
                  ; neighbor search algorithm <br>
                  ns_type       = grid<br>
                  <br>
                  ; neighbor list cut-off<br>
                  rlist         = 1.30<br>
                  <br>
                  ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<br>
                  ; thermostat and barostat<br>
                  tcoupl            = v-rescale<br>
                  tc_grps         = System<br>
                  ref_t             = 50.5<br>
                  tau_t             = 0.5<br>
                  <br>
                  pcoupl            = berendsen<br>
                  pcoupltype        = isotropic<br>
                  nstpcouple        = 10<br>
                  ref_p             = 1.01325<br>
                  tau_p             = 1.0<br>
                  <br>
                  ; Using compressibility of ethanol at 273.1
                  (approximately)<br>
                  ; from J. Phys. Chem., 1963, 67 (10), pp 2160.2164<br>
                  <br>
                  compressibility = 1.0e-5<br>
                  <br>
                  ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<br>
                  ; velocty generation<br>
                  gen_vel       = yes<br>
                  gen_temp      = 50.5<br>
                  ; gen_seed      = 173529<br>
                  <br>
                  ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<br>
                  ; output control options<br>
                  ; output frequency for coords, velocities and forces<br>
                  nstxout       = 5000<br>
                  nstvout       = 5000<br>
                  nstfout       = 5000<br>
                  <br>
                  ; output frequency for energy<br>
                  nstenergy     = 5000<br>
                  ; energygrps    =<br>
                  <br>
                  ; output frequency for log<br>
                  nstlog        = 5000<br>
                  <br>
                  ; output options for trajectory<br>
                  nstxtcout     = 5000<br>
                  xtc_precision = 100000<br>
                  ; xtc_grps      =<br>
                </font><br>
                <font color="#888888"><br>
================================================================================<br>
                  ITP file<br>
                  <br>
                  ; Ethane:<br>
                  ; Assign of the atom index<br>
                  ;<br>
                  ;      H2   H6<br>
                  ;      |    | <br>
                  ; H3 - C1 - C5 - H7<br>
                  ;      |    | <br>
                  ;      H4   H8<br>
                  ;<br>
                  <br>
                  [ moleculetype ]<br>
                  ;     name        nrexcl<br>
                      Ethane             3<br>
                  <br>
                  [ atoms ]<br>
                  ;   nr      type   resnr   residu    atom    cgnr     
                  charge          mass<br>
                       1  opls_135       1      ETH     CE1     
                  1        -0.18     <br>
                       2  opls_140       1      ETH     HE2     
                  1         0.06    <br>
                       3  opls_140       1      ETH     HE3     
                  1         0.06    <br>
                       4  opls_140       1      ETH     HE4     
                  1         0.06    <br>
                       5  opls_135       1      ETH     CE5     
                  2        -0.18<br>
                       6  opls_140       1      ETH     HE6     
                  2         0.06<br>
                       7  opls_140       1      ETH     HE7     
                  2         0.06    <br>
                       8  opls_140       1      ETH     HE8     
                  2         0.06<br>
                  <br>
                  [ bonds ]<br>
                  ;  ai  aj   funct                 c0            c1<br>
                      1   5       1<br>
                      2   1       1<br>
                      3   1       1<br>
                      4   1       1<br>
                      6   5       1<br>
                      7   5       1<br>
                      8   5       1<br>
                  <br>
                  [ pairs ]<br>
                  ;  ai  aj   funct<br>
                      2   6<br>
                      2   7<br>
                      2   8<br>
                      3   6<br>
                      3   7<br>
                      3   8<br>
                      4   6<br>
                      4   7<br>
                      4   8<br>
                      <br>
                  [ angles ]<br>
                  ;  ai    aj    ak  funct          c0            c1<br>
                  ;  H3-C-C<br>
                      2     1     5      1<br>
                      3     1     5      1<br>
                      4     1     5      1<br>
                  ;  H-C-H<br>
                      2     1     3      1<br>
                      2     1     4      1<br>
                      3     1     4      1<br>
                  ;  C-C-H3<br>
                      6     5     1      1<br>
                      7     5     1      1<br>
                      8     5     1      1<br>
                  ;  H-C-H<br>
                      6     5     7      1<br>
                      6     5     8      1<br>
                      7     5     8      1<br>
                  <br>
                  [ dihedrals ]<br>
                  ;  ai    aj    ak    al  funct       c0       
                  c1        c2        c3        c4 <br>
                      2     1     5     6      3<br>
                      3     1     5     6      3<br>
                      4     1     5     6      3<br>
                      2     1     5     7      3<br>
                      3     1     5     7      3<br>
                      4     1     5     7      3<br>
                      2     1     5     8      3<br>
                      3     1     5     8      3<br>
                      4     1     5     8      3<br>
                  <br>
                  <br clear="all">
                </font></div>
              <font color="#888888"><br>
                -- <br>
                Phil (Yang) Song<br>
                Room 509, 590 Comm. Ave.<br>
                Chem. Dept., Boston Univ.<br>
                Boston, MA, 02215, USA</font><br>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Phil (Yang) Song<br>Room 509, 590 Comm. Ave.<br>


Chem. Dept., Boston Univ.<br>Boston, MA, 02215, USA<br><br>