Hi all,<br><br>I used pdb2gmx and selected amber99sb for generation of itp files of a normal peptide within GROMACS 4.5.4.<br><br>But I saw that all the bonds, angles, and dihedral parameters (c0, c1, c2 ...) were not present in the itp file, while only funct is defined. It seems the same thing happens with opls ff.<br>

<br>So I wonder if those parameters are automatically generated according to corresponding atom types when implementing grompp? What would happen if I have exotic species and some atomic sequences are not defined in the <span style="font-family: &quot;Courier New&quot;;">  [ angletypes
] <span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">or </span></span><span style="font-family:&quot;Courier New&quot;">  [ dihedraltypes
] <span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">section of amber99sb.ff/ffboned.itp ?</span><br>
</span>

<br><br>In the other case, when I used <a href="http://amb2gmx.pl">amb2gmx.pl</a> to convert glycam force field-parametized prmtop file to gromacs top file, I saw something like:<br><br>[ dihedrals ]<br>;i  j   k  l     func   C0  ...  C5<br>

    19   18   20   21     3     0.75312     2.25936     0.00000    -3.01248     0.00000     0.00000     ;<br>    41   1    18   19     3     0.20920     0.62760     0.00000    -0.83680     0.00000     0.00000     ;<br><br>

<br><br>Although I understand &#39;3&#39; in the fifth column indicates a Ryckaert-Bellemans-potential function, but what parameters are those numbers followed (0.75312     2.25936     0.00000    -3.01248     0.00000     0.00000) correspond to?<br>

<br>Thanks for any help!<br><br>Yun<br>