Hi all,<br><br>I understand this problem has been discussed before, but it seems no conclusion has been drawn.<br><br>GLYCAM force field assigns negative force constants to some dihedrals, and when <a href="http://amb2gmx.pl">amb2gmx.pl</a> was used to convert prmtop file to gromacs top file, these negative values seem to be ignored. Some people proposed that we change the code in <a href="http://amb2gmx.pl">amb2gmx.pl</a>, that is:<br>

<br>...........................<br><br>  # get all force constants for each line of a dihedral #<br>  my $lines = $i -1 +$numijkl;<br>  for(my $j=$i;$j&lt;=$lines;$j++){<br>    my $period = abs($pn{$j});<br>    if($pk{$j}&gt;0) {<br>

      $V[$period] = 2*$pk{$j}*$cal/$idivf{$j};<br>    }<br><br>...........................<br><br>the &quot;$pk{$j}&gt;0&quot; is modified to &quot;$pk{$j}!=0&quot;.<br><br>Others suggest to modify the original prmtop file, that is, to remove the negative signs, and correspondingly, change the phase shift from 0 to 180. Then <a href="http://amb2gmx.pl">amb2gmx.pl</a> could be used to correctly convert the topology.<br>

<br>I am wondering if the first approach has been validated, since the second one seems complicated and laborious to carry out.<br><br>Thanks for any advice,<br><br>Yun<br>