<DIV>&nbsp;</DIV><DIV>&nbsp;</DIV><SPAN>On 09/09/11, <B class=name>Sandeep Somani </B>&lt;ssomani@gmail.com&gt; wrote:</SPAN>
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: #00f 1px solid; PADDING-LEFT: 13px; MARGIN-LEFT: 0px" class=iwcQuote cite=mid:CAFKak1qYYOUAiPX7BNa5JcC9rway-ifO_h+Fva6Q99NDNhQE_w@mail.gmail.com type="cite">Hi Mark 
<DIV><br /></DIV><DIV>Thanks for the rtp definitions.&nbsp;I added the rtp defs to aminoacids.rtp and renamed residue and atom names in pdb file.&nbsp;</DIV><DIV><br /></DIV><DIV>But pdb2gmx is still complaining about the terminal groups. It seems to have picked up ACE, but not CT3.&nbsp;</DIV><DIV>pdb2gmx error message and modified pdb file are listed below. Any idea ? Do I need to modify .c.tdb ? If so, do you have that entry as well :) ?&nbsp;</DIV></BLOCKQUOTE>
<DIV>&nbsp;</DIV><DIV>Ah, no. To get rid of the warning, you need to teach GROMACS that CT3 is a protein residue. (It knew about ACE from other force fields.) Copy&nbsp;residuetypes.dat from the share/top directory to your working directory, and add CT3 as Protein at the end.</DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV>To get rid of the error, you need to tell pdb2gmx not to try to change your termini. Use pdb2gmx -ter, and choose "None" for both N and C termini.</DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV>Mark&nbsp;</DIV><BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: #00f 1px solid; PADDING-LEFT: 13px; MARGIN-LEFT: 0px" class=iwcQuote cite=mid:CAFKak1qYYOUAiPX7BNa5JcC9rway-ifO_h+Fva6Q99NDNhQE_w@mail.gmail.com type="cite">
<DIV class="mimepart text html">
<DIV>&nbsp;</DIV><DIV><br /></DIV><DIV>Thanks&nbsp;</DIV><DIV>Sandeep&nbsp;</DIV><DIV><br /></DIV><DIV>=============pdb2gmx error=======================================</DIV><DIV>
<DIV>Back Off! I just backed up topol.top to ./#topol.top.3#</DIV><DIV>Processing chain 1 (32 atoms, 4 residues)</DIV><DIV>There are 3 donors and 3 acceptors</DIV><DIV>There are 4 hydrogen bonds</DIV><DIV>Identified residue ACE1 as a starting terminus.</DIV><DIV>Warning: Residue CT32 in chain has different type (Other) from starting residue ACE1 (Protein).</DIV><DIV>Identified residue ALA2 as a ending terminus.</DIV><DIV>8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully</DIV><DIV>Start terminus ACE-1: NH3+</DIV><DIV>End terminus ALA-2: COO-</DIV><DIV><br /></DIV><DIV>-------------------------------------------------------</DIV><DIV>Program pdb2gmx_d, VERSION 4.5.4</DIV><DIV>Source code file: pdb2top.c, line: 1070</DIV><DIV><br /></DIV><DIV>Fatal error:</DIV><DIV>atom N not found in buiding block 1ACE while combining tdb and rtp</DIV><DIV>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</DIV><DIV>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target=1 >http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</A></DIV><DIV>-------------------------------------------------------</DIV></DIV><DIV>================pdb2gmx error====================================</DIV><DIV><br /></DIV><DIV>================modified pdb=====================================</DIV><DIV>
<DIV>
<DIV>REMARK &nbsp;NONE * &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</DIV><DIV>REMARK &nbsp; DATE: &nbsp; &nbsp; 8/10/11 &nbsp; &nbsp; &nbsp;5:30:23 &nbsp; &nbsp; &nbsp;CREATED BY USER: ss2029 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</DIV><DIV><B>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;CT3 ACE &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-2.160 &nbsp; 0.537 &nbsp; 0.930 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</B></DIV><DIV><B>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;HT1 ACE &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-2.466 &nbsp; 0.003 &nbsp; 0.005 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</B></DIV><DIV><B>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp;HT2 ACE &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-2.562 &nbsp; 1.572 &nbsp; 0.910 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</B></DIV><DIV><B>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp;HT3 ACE &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-2.562 &nbsp; 0.001 &nbsp; 1.816 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</B></DIV><DIV><B>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp;C &nbsp; ACE &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.672 &nbsp; 0.582 &nbsp; 1.009 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</B></DIV><DIV><B>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp;O &nbsp; ACE &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.105 &nbsp; 1.128 &nbsp; 1.954 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</B></DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp;N &nbsp; ALA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp;HN &nbsp;ALA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.453 &nbsp;-0.444 &nbsp;-0.769 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp;CA &nbsp;ALA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.459 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 10 &nbsp;HA &nbsp;ALA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.812 &nbsp;-0.497 &nbsp; 0.897 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 11 &nbsp;CB &nbsp;ALA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.949 &nbsp;-0.834 &nbsp;-1.207 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp;HB1 ALA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.514 &nbsp;-1.854 &nbsp;-1.155 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 13 &nbsp;HB2 ALA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.628 &nbsp;-0.373 &nbsp;-2.167 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 14 &nbsp;HB3 ALA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.056 &nbsp;-0.932 &nbsp;-1.214 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp;C &nbsp; ALA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2.096 &nbsp; 1.401 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 16 &nbsp;O &nbsp; ALA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.425 &nbsp; 2.432 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 17 &nbsp;N &nbsp; ALA &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.451 &nbsp; 1.458 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 18 &nbsp;HN &nbsp;ALA &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.954 &nbsp; 0.594 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 19 &nbsp;CA &nbsp;ALA &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4.276 &nbsp; 2.664 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 20 &nbsp;HA &nbsp;ALA &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4.065 &nbsp; 3.236 &nbsp;-0.897 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 21 &nbsp;CB &nbsp;ALA &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.864 &nbsp; 3.539 &nbsp; 1.207 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 22 &nbsp;HB1 ALA &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2.776 &nbsp; 3.756 &nbsp; 1.155 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 23 &nbsp;HB2 ALA &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4.063 &nbsp; 3.014 &nbsp; 2.167 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 24 &nbsp;HB3 ALA &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4.407 &nbsp; 4.508 &nbsp; 1.214 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 25 &nbsp;C &nbsp; ALA &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5.791 &nbsp; 2.399 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV>ATOM &nbsp; &nbsp; 26 &nbsp;O &nbsp; ALA &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 6.597 &nbsp; 3.328 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</DIV><DIV><B>ATOM &nbsp; &nbsp; 27 &nbsp;N &nbsp; CT3 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 6.175 &nbsp; 1.110 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</B></DIV><DIV><B>ATOM &nbsp; &nbsp; 28 &nbsp;HN &nbsp;CT3 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5.528 &nbsp; 0.351 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</B></DIV><DIV><B>ATOM &nbsp; &nbsp; 29 &nbsp;CT &nbsp;CT3 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 7.566 &nbsp; 0.777 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</B></DIV><DIV><B>ATOM &nbsp; &nbsp; 30 &nbsp;HT1 CT3 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8.048 &nbsp; 1.201 &nbsp; 0.907 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</B></DIV></DIV><DIV>
<DIV><B>ATOM &nbsp; &nbsp; 31 &nbsp;HT2 CT3 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 7.683 &nbsp;-0.327 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</B></DIV><DIV><B>ATOM &nbsp; &nbsp; 32 &nbsp;HT3 CT3 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8.048 &nbsp; 1.201 &nbsp;-0.907 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;DIAL</B></DIV><DIV>TER &nbsp; &nbsp; &nbsp;33 &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2</DIV><DIV>END</DIV></DIV><DIV>================modified pdb=====================================</DIV></DIV><DIV><br /></DIV><DIV><br /></DIV><DIV><br /><br />
<DIV class=gmail_quote>On Fri, Sep 9, 2011 at 2:52 AM, Mark Abraham <SPAN dir=ltr>&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" >Mark.Abraham@anu.edu.au</A>&gt;</SPAN> wrote:<br />
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class=gmail_quote>
<DIV class=im>On 9/09/2011 8:05 AM, Sandeep Somani wrote:<br />
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class=gmail_quote>Hi<br /><br />I am trying to set up a simulation for dialanine using charmm27 ff but am getting errors in pdb2gmx due to missing definitions in rtp file.<br /><br />I created the pdb file (below) using Charmm for the sequence ACE-ALA-ALA-CT3.<br /><br />pdb2gmx recognizes ALA atoms but not those of the terminal groups ACE and CT3.<br /></BLOCKQUOTE><br /></DIV>Yes, CHARMM in GROMACS has lacked these for some time. I asked over a year ago for them to be added, but that hasn't happened. You can add<br /><br />[ ACE ]<br />&nbsp;[ atoms ]<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT3 &nbsp; &nbsp; CT3 &nbsp; &nbsp; -0.270 &nbsp;0<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;HT1 &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.090 &nbsp; 1<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;HT2 &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.090 &nbsp; 2<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;HT3 &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.090 &nbsp; 3<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.510 &nbsp; 4<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp; &nbsp; O &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.510 &nbsp;5<br />&nbsp;[ bonds ]<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp; &nbsp; CT3<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp; &nbsp; +N<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT3 &nbsp; &nbsp; HT31<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT3 &nbsp; &nbsp; HT32<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT3 &nbsp; &nbsp; HT33<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp; &nbsp; C<br />&nbsp;[ impropers ]<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp; &nbsp; CT3 &nbsp; &nbsp; +N &nbsp; &nbsp; &nbsp;O<br /><br />[ CT3 ]<br />; this can also be done with the .c.tdb, but the atom naming is different<br />; and this can matter<br />&nbsp;[ atoms ]<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp; &nbsp; NH1 &nbsp; &nbsp; -0.470 &nbsp;0<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;HN &nbsp; &nbsp; &nbsp;H &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.310 &nbsp; 1<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT3 &nbsp; &nbsp; -0.110 &nbsp;2<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;HT1 &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.090 &nbsp; 3<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;HT2 &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.090 &nbsp; 4<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;HT3 &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.090 &nbsp; 5<br />&nbsp;[ bonds ]<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-C &nbsp; &nbsp; &nbsp;N<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp; &nbsp; HN<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp; &nbsp; CAT<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT &nbsp; &nbsp; &nbsp;HT1<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT &nbsp; &nbsp; &nbsp;HT2<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT &nbsp; &nbsp; &nbsp;HT3<br /><br />&nbsp;[ impropers ]<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp; &nbsp; -C &nbsp; &nbsp; &nbsp;CAT &nbsp; &nbsp; HN<br />&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-C &nbsp; &nbsp; &nbsp;CAT &nbsp; &nbsp; N &nbsp; &nbsp; &nbsp; -O<br /><br />to the end of aminoacids.rtp in a local copy of the charmm27.ff folder to make this work.
<DIV class=im><br /><br />
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class=gmail_quote><br />Does someone have the appropriate definitions for these residues ?<br />( I have tried <a href="http://swissparam.ch/" target=1 >http://swissparam.ch/</A> to generate an itp file for the molecule, but upon using it in GMX it does not give the same energy as that from charmm. )<br /></BLOCKQUOTE><br /></DIV>That will likely be a separate issue.<br /><br />Mark<br /><FONT color=#888888>-- <br />gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target=1 >gmx-users@gromacs.org</A><br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=1 >http://lists.gromacs.org/<U></U>mailman/listinfo/gmx-users</A><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target=1 >http://www.gromacs.org/<U></U>Support/Mailing_Lists/Search</A> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target=1 >gmx-users-request@gromacs.org</A>.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target=1 >http://www.gromacs.org/<U></U>Support/Mailing_Lists</A><br /></FONT></BLOCKQUOTE></DIV><br /></DIV></DIV></BLOCKQUOTE>
<DIV>&nbsp;</DIV>