Dear Gromacs Users,<br> <br>I am calculating SAS using g_sas of ligands in my system: protein, 30 ligands in water. The hydrophobic SAS of ligands decrease and reach stable value. Hydrophilic remains stable over the simulation time. I am wondering whether it  (the decrease o hydrophobic) is because of binding to protein or aggregations of my small molecules (They do aggregate) or both? I mean: how is it caculated? Is binding to protein included in the decrease of the hydrophobic SAS of lignads or it is impossible and  aggregation will be the one thing?<br>
 <br>Thank you,