<br>Thanks Lina and Justin. <br><br>Is this data good for finding the distance of protein and water as function of time.<br><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 8, 2011 at 5:55 PM, aiswarya pawar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:aiswarya.pawar@gmail.com">aiswarya.pawar@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi users,<br><br>To get the distance between water and protein i did -<br><br> g_dist -f md.xtc -s md.tpr -o distance.xvg -dist 1 -b 1 -e 11<br>
<br>from this i should obtain an output file as distance.xvg which i dont get.<br>
<br>and my output is printed on the terminal as- <br><br>t: 1  136 SOL 2336 OW  0.772373 (nm)  <br>t: 1  136 SOL 2337 HW1  0.706358 (nm)<br>t: 1  136 SOL 2338 HW2  0.807787 (nm)<br>t: 1  139 SOL 2345 OW  0.821094 (nm)<br>

t: 1  139 SOL 2346 HW1  0.810919 (nm)<br>t: 1  139 SOL 2347 HW2  0.771526 (nm)<br>t: 1  7237 SOL 23640 HW1  0.997056 (nm)<br>t: 1  11793 SOL 37307 OW  0.868929 (nm)<br>t: 1  11793 SOL 37308 HW1  0.927205 (nm)<br>t: 1  11793 SOL 37309 HW2  0.776699 (nm)<br>

t: 2  125 SOL 2303 OW  0.940527 (nm)  <br><br>In this <br><br>t: 1  136 SOL 2336 OW  0.772373 (nm)  <br><br>does the &#39;t&#39; states the time frame, 136 SOL states the SOL molecule number and 2336 OW the residue contact from protein and the 0.772373 nm the distance between them.<br>

<br>Thanks<br><br>
</blockquote></div><br>