mm...sorry for incorrect explanation of the task. I know how to use index_ndx and g_select, but I don&#39;t know whether it is possible to  create an index group of all atoms in !!sphere!! with a radius of 10 angstrom around selected &quot;carbon&quot; (for example). Exactly I don&#39;t know how and where to determine a sphere&#39;s parameters. As you understand if this sphere includes SOL molecules (which are flexible and all time will be changing one to another from outside to the inside of the sphere), so I have to define not atom numbers of SOL but constant spatial character of the sphere. IS IT possible? With a use of index file it will look like a new index.ndx, with [sphere] section and its content, for each frame<br>
<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Sat, 10 Sep 2011 00:00:23 +0300<br>
From: ??????? ???????? &lt;<a href="mailto:rayevsky85@gmail.com">rayevsky85@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] (no subject)<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID:<br>
        &lt;CAB6CZ-=eZHExKyUJRBXrxpAAa0zkHxT=<a href="mailto:ApgYAE_Jh6bNE7yX-A@mail.gmail.com">ApgYAE_Jh6bNE7yX-A@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;koi8-r&quot;<br>
<br>
Hi. I&#39;ve look through the manual and didn&#39;t find an answer on my question:<br>
i&#39;ve got a trajectory and i want to convert it in *.pdb with such parameters<br>
of index file [all atoms within a sphere with a chosen radius around<br>
selected atom]. What can i do? Thank you<br>
<br>
<br>
--<br>
*ó ��������Í!<br>
<br>
<br>
***<br>
*<br>
<br>
Nemo me impune lacessit*<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110910/3611a8e9/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110910/3611a8e9/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Fri, 09 Sep 2011 17:02:40 -0400<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] (no subject)<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4E6A7EF0.9050303@vt.edu">4E6A7EF0.9050303@vt.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
Алексей Раевский wrote:<br>
&gt; Hi. I&#39;ve look through the manual and didn&#39;t find an answer on my<br>
&gt; question: i&#39;ve got a trajectory and i want to convert it in *.pdb with<br>
&gt; such parameters of index file [all atoms within a sphere with a chosen<br>
&gt; radius around selected atom]. What can i do? Thank you<br>
&gt;<br>
<br>
Use g_select to generate the index group and trjconv to write the file in the<br>
format (and with the contents) that you want.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br></blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div style="text-align: left; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><div style="text-align: right;"><font size="1"><i>С уважением!<br><br><br></i></font><font size="1"><i></i></font></div>
<font size="1"><i><br><br>Nemo me impune lacessit</i></font></div><br>