<div dir="ltr">Hi all, <br>(Gromacs 4.0.7): I am trying to make rms matrix between one Wt trajectory and one mutant trajectory using the following command:<br><br><span style="font-family: courier new,monospace;">g_rms -f wt.xtc -f2 mutant.xtc -s wt.tpr -m -fit rot+trans -n wt_backbone.ndx</span><br>
<br>The file wt_backbone.ndx contains the backbone of the protein (Backbone indices are identical between wt and mutant).<br><br>The result is that I am getting a well deserved error saying that wt.xtc and mutant.xtc has different number of atoms (the tpr itself):<br>
<span style="font-family: courier new,monospace;">Fatal error:</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">Second trajectory (76128 atoms) does not match the first one (76129 atoms)</span><br>
<br>So the question becomes: Is there a (convenient) way to produce rms-matrix between wt and mutant? <br>Or perhaps circumvent this problem in some other way?<br>I tried looking into g_confrms, but apparently it works only on two frames instead of trajectories. <br>
<br>Thanks a lot,<br>-Shay<br></div>