R is any distance from the surface of the protein.<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 12, 2011 at 6:31 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im">On 13/09/2011 9:29 AM, E. Nihal Korkmaz wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear all,<br>
<br>
Is there any function to get the Volume around a peptide/protein as a function of R?<br>
The problem is g_rdf -surf doesn&#39;t have a volume correction factor, so my aim is to apply a volume correction factor manually by having V(R) around the protein.<br>
</blockquote>
<br></div>
You haven&#39;t said what R is, but g_sas will calculate some volumes.<br>
<br>
Mark<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Elif Nihal Korkmaz<br><br>Research Assistant <br>University of Wisconsin - Biophysics <br>Member of Qiang Cui &amp; Thomas Record Labs<br>1101 University Ave, Rm. 8359<br>

Madison, WI 53706<br>
Phone:  608-265-3644<br>
Email:   <a href="mailto:korkmaz@wisc.edu" target="_blank">korkmaz@wisc.edu</a><br><br><br>