<pre>Hi gromacs Users,<br><br>Am using g_dist to find the distance between water and protein. for that i made a index file such as-<br><br>a CA(protein atoms)<br><br>a OW(water atoms)<br><br>i then run this cmd- g_dist -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -e 500 -dist 0.35<br>
<br>instead of getting the result for protein-SOL distance . my output shows SOL-OW distance as seen below-<br><br>t: 1  136 SOL 2336 OW  0.772373 (nm)<br> can anyone tell me whats wrong with this.<br>Thanks<br></pre>