<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>
Lloyd thank you very much for your answer!<BR>
&nbsp;<BR>
I'm going to check it out...<BR>
&nbsp;<BR>
Best regards,<BR>
&nbsp;<BR>
Gal <BR>
&nbsp;<BR>
&nbsp;<BR>
<DIV>
&gt; Date: Mon, 12 Sep 2011 10:34:59 +0200<BR>&gt; From: lloyd.riggs@gmx.ch<BR>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; Subject: [gmx-users] RE:g_lie<BR>&gt; <BR>&gt; Message: 1<BR>&gt; Date: Sun, 11 Sep 2011 13:01:28 +0200<BR>&gt; From: &lt;gal.fradin@live.biu.ac.il&gt;<BR>&gt; Subject: [gmx-users] g_lie<BR>&gt; To: &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>&gt; Message-ID: &lt;BLU160-W601D2AB913084C46676AFEE9030@phx.gbl&gt;<BR>&gt; Content-Type: text/plain; charset="windows-1255"<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; Greetings to all!<BR>&gt; <BR>&gt; I have a question for the g_lie function users...<BR>&gt; <BR>&gt; Is there anyone who used this function successfully including the -Elj and -Eqq options???<BR>&gt; <BR>&gt; When I'm trying to use this function with the above mentioned options I'm getting Zeros for both Elj and Eqq<BR>&gt; <BR>&gt; or any other value which I set using the command... for instance if I set the Elj to be 1 then the results are 'ones'...<BR>&gt; <BR>&gt; It seems like a bug... <BR>&gt; <BR>&gt; I'm using the 4.5.3 version...<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; thanks in advance,<BR>&gt; <BR>&gt; Gal <BR>&gt; <BR>&gt; I have. It crankes out good values for small molecules &lt;30 atoms, but is way off for large molecules (ie proteins of 100 amino acids or more). It suggest in the paper and gromacs slidshow that the alpha and beta, or perhaps a gamma function need to be determined for 100+ protein protein interactions, such as was done to achieve the averidged values used for the small molecules, to be determine properly for the electrostatic and coulombic contributions. <BR>&gt; <BR>&gt; You have to determine the Elj or Eqq first using g_energy, or another analysis. From what I can tell, it uses the averidges over a run for state B or A and then just does the Math function described in the paper or gromacs manual.<BR>&gt; -- <BR>&gt; NEU: FreePhone - 0ct/min Handyspartarif mit Geld-zurück-Garantie! <BR>&gt; Jetzt informieren: http://www.gmx.net/de/go/freephone<BR>&gt; -- <BR>&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<BR></DIV>                                               </div></body>
</html>