<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 13/09/2011 3:40 PM, aiswarya pawar wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAEa6cRB7uEWE0LW2C4H31=nLj1QNZrXwx8JtCSepW6bGmUhizw@mail.gmail.com"
      type="cite"><br>
      Hi Mark,<br>
      <br>
      The -dist option says- print all the atoms in group 2 that are
      closer than a certain distance to the center of mass of group 1.<br>
      That means it should give me the distance from OW to protein atom.<br>
    </blockquote>
    <br>
    If you choose correct groups that are correctly defined with respect
    to your trajectory and use a large enough distance cutoff.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAEa6cRB7uEWE0LW2C4H31=nLj1QNZrXwx8JtCSepW6bGmUhizw@mail.gmail.com"
      type="cite"><br>
      And when am already specifying only one atom from protein ie say
      1322. why do i get this kind of output-<br>
    </blockquote>
    <br>
    We can't tell. We don't know what your command line is, what's in
    your simulation system, the contents of your index groups, or which
    groups you've selected for which role. Clearly something is not
    working properly, and our time constraints mean that we're going to
    assume you've done something wrong, in the absence of evidence to
    the contrary.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAEa6cRB7uEWE0LW2C4H31=nLj1QNZrXwx8JtCSepW6bGmUhizw@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <br>
      t: 275&nbsp; 20230 SOL 62618 OW&nbsp; 0.341434 (nm)<br>
      t: 275&nbsp; 22019 SOL 67985 OW&nbsp; 0.171584 (nm)<br>
      t: 276&nbsp; 10768 SOL 34232 OW&nbsp; 0.303328 (nm)<br>
      t: 276&nbsp; 20230 SOL 62618 OW&nbsp; 0.325176 (nm)<br>
      t: 276&nbsp; 22019 SOL 67985 OW&nbsp; 0.187259 (nm)<br>
      t: 277&nbsp; 10768 SOL 34232 OW&nbsp; 0.306008 (nm)<br>
      t: 277&nbsp; 20230 SOL 62618 OW&nbsp; 0.326195 (nm)<br>
      t: 277&nbsp; 22019 SOL 67985 OW&nbsp; 0.181089 (nm)<br>
      t: 278&nbsp; 10768 SOL 34232 OW&nbsp; 0.274507 (nm)<br>
      t: 278&nbsp; 22019 SOL 67985 OW&nbsp; 0.292652 (nm)<br>
      t: 279&nbsp; 10618 SOL 33782 OW&nbsp; 0.319922 (nm)<br>
      t: 280&nbsp; 10618 SOL 33782 OW&nbsp; 0.330082 (nm)<br>
      t: 280&nbsp; 22019 SOL 67985 OW&nbsp; 0.330203 (nm)<br>
      t: 281&nbsp; 8273 SOL 26747 OW&nbsp; 0.278731 (nm)<br>
      t: 281&nbsp; 10618 SOL 33782 OW&nbsp; 0.325434 (nm)<br>
      t: 281&nbsp; 11535 SOL 36533 OW&nbsp; 0.200327 (nm)<br>
      t: 281&nbsp; 17036 SOL 53036 OW&nbsp; 0.343946 (nm)<br>
      t: 282&nbsp; 8273 SOL 26747 OW&nbsp; 0.256558 (nm)<br>
      t: 282&nbsp; 11535 SOL 36533 OW&nbsp; 0.327147 (nm)<br>
      t: 283&nbsp; 8273 SOL 26747 OW&nbsp; 0.165061 (nm)<br>
      t: 283&nbsp; 10618 SOL 33782 OW&nbsp; 0.306578 (nm)<br>
      t: 283&nbsp; 17191 SOL 53501 OW&nbsp; 0.333075 (nm)<br>
      t: 284&nbsp; 8273 SOL 26747 OW&nbsp; 0.19427 (nm)<br>
      t: 284&nbsp; 10618 SOL 33782 OW&nbsp; 0.321927 (nm)<br>
      t: 284&nbsp; 17191 SOL 53501 OW&nbsp; 0.30832 (nm)<br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Tue, Sep 13, 2011 at 10:40 AM, Mark
        Abraham <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">
          <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
            <div class="im"> On 13/09/2011 2:27 PM, <a
                moz-do-not-send="true"
                href="mailto:aiswarya.pawar@gmail.com" target="_blank">aiswarya.pawar@gmail.com</a>
              wrote:
              <blockquote type="cite">
                <pre>Iam -dist option because I need the distance between two groups</pre>
              </blockquote>
              <br>
            </div>
            That is not what g_dist -dist does. Please read g_dist -h.
            <div class="im"><br>
              <br>
              <blockquote type="cite">
                <pre> excluding -dist gives me X,Y,Z output which I don't want.</pre>
              </blockquote>
              <br>
            </div>
            And other output which you do, but you have to use -o to get
            it. Read g_dist -h.
            <div class="im"><br>
              <br>
              <blockquote type="cite">
                <pre> And am not specifying an -o.</pre>
              </blockquote>
              <br>
            </div>
            You need to specify -o to achieve your purpose. However, as
            I said quite a while ago, there is no value in measuring the
            distance between a protein phase and a water phase if they
            are in contact...<br>
            <font color="#888888"> <br>
              Mark</font>
            <div>
              <div class="h5"><br>
                <br>
                <blockquote type="cite">
                  <pre>Sent from my BlackBerry&reg; on Reliance Mobile, India's No. 1 Network. Go for it!

-----Original Message-----
From: "Justin A. Lemkul" <a moz-do-not-send="true" href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">&lt;jalemkul@vt.edu&gt;</a>
Date: Mon, 12 Sep 2011 22:35:28 
To: <a moz-do-not-send="true" href="mailto:aiswarya.pawar@gmail.com" target="_blank">&lt;aiswarya.pawar@gmail.com&gt;</a>; Discussion list for GROMACS users<a moz-do-not-send="true" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</a>
Reply-To: <a moz-do-not-send="true" href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>
Subject: Re: [gmx-users] g_dist error



<a moz-do-not-send="true" href="mailto:aiswarya.pawar@gmail.com" target="_blank">aiswarya.pawar@gmail.com</a> wrote:
</pre>
                  <blockquote type="cite">
                    <pre>Even if I specify an atom say 1277 atom number to find distance against the OW atoms. I get the same result of SOL-OW distance. Is it a bug cause even after specifying one atom from a protein why doesn't it give me the result for the SOL.


</pre>
                  </blockquote>
                  <pre>As was suggested several messages ago, please do NOT combine -o and -dist.  If 
you want to measure a distance, use -o.  If you want g_dist to print a list of 
atoms that satisfy some given criteria, use -dist, but not together.

-Justin

</pre>
                  <blockquote type="cite">
                    <pre>Thanks
Sent from my BlackBerry&reg; on Reliance Mobile, India's No. 1 Network. Go for it!

-----Original Message-----
From: "Justin A. Lemkul" <a moz-do-not-send="true" href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">&lt;jalemkul@vt.edu&gt;</a>
Sender: <a moz-do-not-send="true" href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-bounces@gromacs.org</a>
Date: Mon, 12 Sep 2011 07:52:54 
To: Discussion list for GROMACS users<a moz-do-not-send="true" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</a>
Reply-To: <a moz-do-not-send="true" href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>,
        Discussion list for GROMACS users <a moz-do-not-send="true" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</a>
Subject: Re: [gmx-users] g_dist error



aiswarya pawar wrote:
</pre>
                    <blockquote type="cite">
                      <pre>hi Justin,

As far i referred the OW,HW1 etc are water atoms so how can it be 
distance between the SOL protein atoms, instead it is SOL water atoms.

</pre>
                    </blockquote>
                    <pre>The printed distance indicates that there is a certain water molecule that is 
just over 2 hydrogen bonding lengths away from your protein's backbone.  Sounds 
normal to me.

-Justin

</pre>
                    <blockquote type="cite">
                      <pre>Thanks

On Mon, Sep 12, 2011 at 4:49 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a moz-do-not-send="true" href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> 
<a moz-do-not-send="true" href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">&lt;mailto:jalemkul@vt.edu&gt;</a>&gt; wrote:



    aiswarya pawar wrote:

        Hi Users,

        Am using g_dist to find the distance between water and protein.
        but my output has the values of SOL-water distance.

        t: 1  136 SOL 2336 OW  0.772373 (nm)


    This is not a water-water distance, it is the output of the -dist
    option telling you that water molecule 136 has its OW atom at
    0.7723273 nm from whatever your reference group is.

    -Justin

    -- 
    ==============================__==========

    Justin A. Lemkul
    Ph.D. Candidate
    ICTAS Doctoral Scholar
    MILES-IGERT Trainee
    Department of Biochemistry
    Virginia Tech
    Blacksburg, VA
    jalemkul[at]<a moz-do-not-send="true" href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> <a moz-do-not-send="true" href="http://vt.edu" target="_blank">&lt;http://vt.edu&gt;</a> | (540) 231-9080
    <a moz-do-not-send="true" href="http://www.bevanlab.biochem.__vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.__vt.edu/Pages/Personal/justin</a>
    <a moz-do-not-send="true" href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">&lt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin&gt;</a>

    ==============================__==========
    -- 
    gmx-users mailing list    <a moz-do-not-send="true" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>
    <a moz-do-not-send="true" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">&lt;mailto:gmx-users@gromacs.org&gt;</a>
    <a moz-do-not-send="true" href="http://lists.gromacs.org/__mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/__mailman/listinfo/gmx-users</a>
    <a moz-do-not-send="true" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">&lt;http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users&gt;</a>
    Please search the archive at
    <a moz-do-not-send="true" href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists/Search</a>
    <a moz-do-not-send="true" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">&lt;http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search&gt;</a> before posting!
    Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www
    interface or send it to <a moz-do-not-send="true" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>
    <a moz-do-not-send="true" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">&lt;mailto:gmx-users-request@gromacs.org&gt;</a>.
    Can't post? Read <a moz-do-not-send="true" href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists</a>
    <a moz-do-not-send="true" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">&lt;http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists&gt;</a>


</pre>
                    </blockquote>
                  </blockquote>
                  <br>
                  <fieldset></fieldset>
                  <br>
                </blockquote>
                <br>
              </div>
            </div>
          </div>
          <br>
          --<br>
          gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
          <a moz-do-not-send="true"
            href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
            target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
          Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
          before posting!<br>
          Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
          www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
          Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>