<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META content="text/html; charset=gb2312" http-equiv=Content-Type>
<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.6001.19120">
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV>
<DIV><FONT size=2>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>Dear all£¬</FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>To make molecules move, accelerate should be used. nstcomm is the 
frequency for center of mass motion removal </FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>But if they are used together, the molecule will not 
move.</FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>I made a model system: a box of pure water. Adding accelerate to 
SOL in Z direction.</FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>Firstly, comm_mode was set to no. But there was a warning during 
grompp:"You are not using center of mass motion removal (mdp option 
comm-mode),</FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><FONT size=3><SPAN 
lang=EN-US><FONT face=Calibri>numerical rounding errors can lead to build up of 
kinetic energy of the center of mass</FONT></SPAN><SPAN 
style="FONT-FAMILY: ËÎÌå; mso-ascii-font-family: Calibri; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: ËÎÌå; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Calibri; mso-hansi-theme-font: minor-latin">¡£</SPAN><SPAN 
lang=EN-US><FONT face=Calibri> Net Acceleration in Z direction, will not be 
corrected"</FONT></SPAN></FONT></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>The results really drift.</FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>Then nstcomm=10 was set, the averaged velocity of water molecule in 
Z direction was close to zero.</FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>I checked the tpr file using gmxdump, and found out that acc is set 
to 0, but accelerate<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0.0 
<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN>0.0<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>-0.001 is in 
mdout.mdp,</FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>So How to use these two parameters together? Not only make the 
steady water flow but also not drift? </FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri></FONT></SPAN>&nbsp;</P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>Thanks a lot</FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri></FONT></SPAN>&nbsp;</P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>Candery</FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
lang=EN-US></SPAN>&nbsp;</P></FONT></DIV></DIV></BODY></HTML>